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Jefferson, nació en el distrito de Villa el Salvador, Lima. Pariente de los también futbolistas Roberto "La Foca" Farfán, Rafael 'Focaza' Farfán (por lado paterno) y Luis "Cuto" Guadalupe (por ladomaterno) —quienes integraron alguna vez la selección nacional de futbol del Perú—, pasó una vida llena de sufrimientos pues su madre hizo hasta lo imposible para poder salir adelante con su hijo, yaque su padre, un vendedor ambulante, los abandonó cuando era pequeño. Comenzó en las divisiones menores del club edil Deportivo Municipal desde pequeño, cuando el profesor Montalvo lo descubrió enel asentamiento donde vivía.
En 1999 fue vendido al Club Alianza Lima con sólo 14 años de edad en una módica suma. Es en el equipo blanquiazul donde debutó en Primera División, hecho que se dio el 28 dejulio del 2001, cuando Farfán tenía 16 años, en un partido disputado ante el Deportivo Wanka.
En 2001 jugó para la selección peruana en las categorías menores, ganando así los XIV JuegosBolivarianos que se diputaron en Ecuador.
A partir del 2002 fue titular indiscutible en Alianza, siendo nombrado como el jugador revelación del año. Al año siguiente fue considerado el mejor jugador del campeonatoy llevó a su equipo al título anotando el gol decisivo en tiempo suplementario en la final ante Sporting Cristal. En el 2004 sólo jugó la primera mitad del año para Alianza, anotando 14 goles yayudando de esta manera a conseguir el Torneo Apertura.
A mediados de 2008, luego de obtener el tetracampeonato con el PSV, el cuadro holandés llegó a un acuerdo con el Schalke 04 para venderlo, acuerdoque ascendió a los 10 millones de euros aproximadamente.
En 2010, Farfán vuelve a la selección en la Era Markarián. Tras ganar los tres primeros partidos con el combinado nacional, Markarián notó queFarfán era indiscutible en el equipo. En octubre de ese año, la selección disputó un cuarto partido ante Panamá, el cual perdieron 1-0. Esa misma noche, Farfán y otros jugadores se escaparon del...