ORTOLOGOS

UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS ESPE
DEPARTAMENTO DE CIENCIAS DE LA VIDA Y AGRICULTURA
Nombre
Asignatura
NRC
Fecha

: Vanessa Páez
: Bioinformática
: 2429
: 30 de octubre de 2015

Búsqueda deortólogos en la base de datos BLAST
1. En primera instancia, se debe de identificar un gen de interés de estudio. Se buscó en todas
las bases de datos el gen que produce la hormona de crecimiento en elleón, luego se
seleccionó la opción de nucleotidos, para finalmente seleccionar el gen “Panthera leo growth
hormona receptor (GHR) gene, parcial cds”

2. Se despliega las características de informaciónacerca del gen seleccionado, el número de
accesión, la descripción del organismo, autores, entre otros, lo que se necesita es la
secuencia del gen para la busqueda de ortólogos.

3. Una vez que seselecciona la secuencia del gen, se realiza la búsqueda en STANDAR
NUCLEOTIDE BLAST, en la selección de Organism excluí a la familia Felidae, que es la que
pertenece el género pantera con el fin de quesolo obtenga información de otros organismos
que no están en esta familia. Finalmente se procede a buscar en BLAST

4. Cuando finaliza la búsqueda aparece la información acerca de la longitud delQuery, de la
identificación y de las secuencias que están significativamente alineadas a la que se buscó

5. Mediante el análisis de los valores de Query cover y de Ident, se puede comprobar si losorganismos son ortólogos o no, se seleccionó 5 organismos:

Galidia elegans, con un 93% de identidad y un Query 100% lo que indica que es ortólogo del gen
que se buscó.
Paradoxurus hemaphroditus, con un 93%de identidad y un Query 100% lo que indica que es
ortólogo del gen que se buscó.
Cryptoprocta ferox, con un 92% de identidad y un Query 100% lo que indica que es ortólogo del
gen que se buscó.Genetta tigrina, con un 92% de identidad y un Query 100% lo que indica que es ortólogo del gen
que se buscó.
Helogale parvula, con un 92% de identidad y un Query 100% lo que indica que es ortólogo del...