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La taxonomía (del griego ταξις, taxis, ‘ordenamiento’, y νομος, nomos, ‘norma’ o ‘regla’) es, en su sentido más general, la ciencia de la clasificación. Habitualmente, se emplea el término para designar a la taxonomía biológica, la ciencia de ordenar la diversidad biológica en taxones anidados unos dentro de otros, ordenados de forma jerárquica, formando un sistema de clasificación.


Árbolfilogenético (en este caso representado en forma de cladograma) que muestra un ejemplo de diversificación de una especie ancestral en 3 especies presentes en la actualidad. Cada nodo del árbol (como el marcado con un círculo rojo) representa el antepasado común más próximo dentro de un clado,nota 1 que representa el antepasado común más próximo con todos sus descendientes. El antepasado común esuna población que no necesariamente está compuesta de un único individuo. En barras rojas se muestran las apomorfías: los nuevos estados del carácter.


Del árbol filogenético se puede derivar una clasificación de los organismos. Los taxones terminales se agrupan en taxones de categoría más alta ubicados en sus respectivas categorías taxonómicas. La topología del árbol filogenético es lahipótesis que decide los anidamientos.
La taxonomía biológica será aquí tratada como una subdisciplina de la biología sistemática, que además tiene como objetivo la reconstrucción de la filogenia, o historia evolutiva, de la vida.nota 2 Es parte de la taxonomía dividir toda la diversidad de la vida en taxones anidados, acomodados en sus respectivas categorías taxonómicas. Para ello, en laescuela cladista (la que predomina hoy en día), decide qué clados convertir en taxones correctamente "nombrados" (un clado es lo que se toma luego de realizar un único corte en el cladograma). Según esta escuela, un taxón es un clado al que al nombrarlo, se le asigna un nombre en latín (el "nombre científico"), unacategoría taxonómica, un "tipo", y una descripción que lo diferencie de los demás taxones de la mismacategoría, y se publica en una revista científica para ponerlo a disposición de los usuarios finales. La nomenclatura es la subdisciplina que se ocupa de reglamentar los pasos que dan nombre a un taxón, y que provee las reglas para que cada taxón tenga un único "nombre correcto", escitas en los Códigos Internacionales de Nomenclatura. Como resultado se obtiene un sistema de clasificación quefunciona como llave hacia la literatura taxonómica, y también como predictor, de forma de dirigir investigaciones relacionadas con la evolución. Una vez armado el sistema de clasificación, la subdisciplina de la determinación o identificación provee las herramientas para reconocer a qué taxón del sistema de clasificación pertenece un espécimen encontrado, por ejemplo provee claves de identificación ydescripciones de todas las especies de una región dada.
En la actualidad muchos especialistas afirman que sólo la definición de taxón de la escuela cladista logra que la biología sistemática dé el servicio que se espera de ella al resto de las ramas de la biología, pero la escuela evolucionista tiene razones para definir de forma diferente los taxones, y se atribuye la creación de sistemas declasificación más útiles y predictivos, discusión que hoy en día no está terminada.
Las normas que regulan la creación de los sistemas de clasificación son en parte convenciones más o menos arbitrarias. Para comprender estas arbitrariedades (por ejemplo, la nomenclatura binominal de las especies y la uninominal de las categorías superiores a especie) es necesario estudiar la historia de la taxonomía,que nos ha dejado como herencia los Códigos Internacionales de Nomenclatura a cuyas reglas deben atenerse los nombres de los taxones.
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