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Conforme a la Ley General de Salud, la Secretaría de Salud ejercerá las atribuciones de regulación, control y fomento sanitario, a través de la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios en lo relativo a (Art. 17 bis):
 
El control y vigilancia de los establecimientos de salud. 
La prevención y el control de los efectos nocivos de los factores ambientales en la saluddel hombre. 
La salud ocupacional y el saneamiento básico. 
El control sanitario de productos, servicios y de su importación y exportación y de los establecimientos dedicados al proceso de los productos. 
El control sanitario del proceso, uso, mantenimiento, importación, exportación y disposición final de equipos médicos, prótesis, órtesis, ayudas funcionales, agentes de diagnóstico, insumos deuso odontológico, materiales quirúrgicos, de curación y productos higiénicos, y de los establecimientos dedicados al proceso de los productos. 
El control sanitario de la publicidad de las actividades, productos y servicios. 
El control sanitario de la disposición de órganos, tejidos y sus componentes, células de seres humanos. 
La sanidad internacional.
El control sanitario de las donacionesy trasplantes de órganos, tejidos células de seres humanos.
 
La COFEPRIS es un órgano desconcentrado con autonomía administrativa, técnica y operativa (Artículo 17 bis 1) y al frente de ésta se encuentra un Comisionado Federal designado por el Presidente de la República, a propuesta del Secretario de Salud; siendo la Secretaría de Salud quien supervisa a la COFEPRIS (Artículo 17 bis 2). 
Paramayor detalle sobre las atribuciones y funciones de la COFEPRIS, se recomienda consultar los artículos 17 bis, 17 bis 1, 17 bis 2, artículos 313, fracción I y 340, de la Ley General de Salud:
 

Órganos administrativos desconcentrados y entidades[editar]
Para llevar a cabo dichas funciones, la Secretaría cuenta con las siguientes unidades:
Administración del Patrimonio de la BeneficienciaPública
Centro Nacional de la Transfusión Sanguínea
Centro Nacional para la Prevención y el Control de VIH/SIDA
Centro Nacional de Equidad de Género y Salud Reproductiva
Comisión Nacional de Arbitraje Médico
Centro Nacional de Programas Preventivos y Control de Enfermedades
Centro Nacional de Trasplantes
Centro Nacional para la Salud de la Infancia y la Adolecencia
Centro Nacional deExcelencia Tecnológica en Salud
Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios
Comisión Nacional de Protección Social en Salud
Comisión Nacional de Bioética
Centro Nacional para la Prevención y el Control de las Adicciones
Consejo Nacional para el Desarrollo y la Inclusión de la Personas con Discapacidad
Centro Regional de Alta Especialidad de Chiapas
Centro de Integración JuvenilA.C.
Hospital Juárez de México
Hospital General Manuel Gea González
Hospital General de México
Hospital Infantil de México Federico Gomez
Hospital Regional de Alta Especialidad del Bajio
Hospital Regional de Alta Especialidad de Oaxaca
Hospital Regional de Alta Especialidad Dr. Juan Graham Casasus
Hospital Regional de Alta Especialidad de la Península de Yucatán
Hospital Regional de AltaEspecialidad de Ciudad Victoria

Funciones[editar]
Conducir la política nacional en materia de asistencia social, servicios médicos y salubridad general, con excepción de lo relativo al saneamiento del ambiente; y coordinar los programas de servicios a la salud de la administración pública federal, así como los agrupamientos por funciones y programas afines que, en su caso, se determinen.
Crear yadministrar establecimientos de salubridad, de asistencia pública y de terapia social en cualquier lugar del territorio nacional y organizar la asistencia pública en el Distrito Federal.
Aplicar a la Asistencia Pública los fondos que le proporcionen la Lotería Nacional y los Pronósticos Deportivos para la Asistencia Pública; y administrar el patrimonio de la Beneficencia Pública en el...