taller bioinformatica

BASES DE DATOS
EJERCICIOS
Ejercicio 1
Imaginemos que estamos interesados en conocer más sobre los genes
relacionados en el cáncer de mama.
• ¿Cuáles son estos genes?
• ¿Cuáles son los númerosde acceso para varios de estos genes?
o PMIDs de artículos científicos relevantes
o Entrez IDs para los genes
o Uniprot IDs para sus productos
• ¿Alguna otra información relevante?
o Localizaciónen cromosomas
o Diagnósticos y relevancia de cada gen involucrado
o Mutaciones importantes
o Familias de proteínas
o …
Para identificarlos, tenemos muchas bases de datos en las que buscar. Probarcon todas estas aproximaciones
• PubMed para publicaciones relacionadas. Podemos también empezar
con Wikipedia o una búsqueda en Google para una introducción y
explicaciones más “sencillas” de lafunción y relación de los genes con el
cáncer de mama.
• Entrez para genes, su localización en el genoma, anotaciones
funcionales, etc.
• ExPASy para proteínas, proteínas homólogas, relación conel gen, etc.
• OMIM para desordenes de origen genético.
• …

Ejercicio 2
¿Cuántas ubiquitinas hay en el genoma humano, y cuál es la secuencia de una
ubiquitina prototipo?
• Busca bien en laliteratura (PubMed), o en algún otro medio fiable
(Wikipedia?) cuál es la ubiquitina prototipo y descarga su secuencia de
76 aminoácidos.
• Utiliza Entrez Gene y las búsquedas avanzadas para limitarla búsqueda a
ubiquitinas en humano. Seguramente obtendrás muchas coincidencias,
prueba a repetir la búsqueda descartando “pseudogene”,
“-­­like”,
“associated”, “peptidase”, “ligase” y “enzyme”.¿Qué hemos descartado
con esta nueva búsqueda más restringida?
• Utiliza ahora bases de datos de proteínas UniProt para realizar la misma
búsqueda de ubiquitinas en humano. ¿Cuántos resultadosobtienes? De
manera similar a las restricciones en Entrez, ¿qué términos filtrarías
para reducir los resultados a aquellos relevantes?
Ejercicio 3
Encuentra el número de acceso de una lipocalina (por...