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En la época prehispánica el territorio del actual municipio de Amealco estaba muy poblado de vegetación en la que predominaban las coníferas (cedros, pinos); existiendo además: encinos, madroños. eucaliptos, sabinos, sauces, capulines, tejocotes, etc. que hacían del municipio una región boscosa; ideal para el establecimiento de grupos otomíes; quienes aún habitan este lugar; conservando suscostumbres y tradiciones ancestrales.
Es muy probable que los Otomíes hayan tenido contacto con los Toltecas debido a la cercanía de este lugar con los sitios donde habitaron aquellas culturas, lo que se puede manifestar en una zona arqueológica que se encuentra en San Ildefonso Tultepec, conocida con el nombre de “El Cuisillo”. Tal parece y según las costumbres de estos lugares, llaman Cuisillo a unmontón de piedras. Ahí se encuentran varios promontorios cubiertos de vegetación que al ser descubiertos han sido saqueados para llevarse las piedras, sin saber que se trata de algunos edificios prehispánicos.
En el municipio existen 34 comunidades de origen Otomí, ahora Ñañhú, entre las cuales unas de las más importantes son las siguientes:
Santiago Mexquititlán  o Santiago Mezquititlán
Cuyosignificado es: si se escribe con “z”, lugar de mezquites; y si se escribe con “x” lugar donde se comen quelites. Esta zona no es propia para la existencia de mezquites. Por el contrario, sí se producen los quelites que son un alimento muy apreciado por los mexicanos, así como los nopales y los nabos. Este poblado cuenta con seis barrios, cuya denominación son: Barrio Primero, Barrio Segundo,Barrio Tercero, Barrio Cuarto, Barrio Quinto o El Pastoreo y Barrio Sexto o San Felipe.
Barrio Primero, cuyo significado es DONIKO que quiere decir: Centro. 
Barrio Segundo, cuyo significado es NOSDA  que quiere decir: Tepozán. 
Barrio Tercero, cuyo significado es: TOJÍ que quiere decir: mezquite. 
Barrio Cuarto o San Diego. 
Barrio Quinto o el Pastoreo. 
Barrio Sexto o San Felipe. 
SanIldefonso Tultepec
Cuyo significado es “Cerro de los Tules” o “Lugar de Tules” y cuenta además con varios barrios que son: El  Saucito, El Tepozán, El Bothe, El Rincón, Yospí, El Cuisillo, Xajay, Tenasdá, La Piní y Mesillas.
Tenasda quiere decir: “Lugar donde crecen los árboles” 
La Pini quiere decir: “Lugar de Pinos” 
El Bothe quiere decir: Lugar donde hay agua estancada y sucia. 
El Cuisillo: Lugardonde hay un montón de piedras. 
Xajay quiere decir: “Tierra Húmeda.” 
Yospi: “Lugar de cenizas” donde existen rocas de origen volcánico; los habitantes juntan y venden unas piedras que llaman “la piedra poma” 
San Miguel Tlaxcaltepec
Cuyo significado es: “Cerro de las Tortillas”; que cuenta con varios barrios como: El Picacho, La Cruz, La Presa del Tecolote, El Líndero, Los Árboles, ElTerrero, EL Rincón de Agua Buena y El Ojo de Agua.
San Juan de Guedó
Cuyo significado es “En la Peña Grande” con sus barrios: La Soledad, El Ejido de Guedó y Los Arenales.
San José Ithó
Cuyo significado es “Vara o Chivo” 
San Miguel de Thí que significa “Borrego” 
Chitejé de la Cruz que significa “Lugar entre Cerros”
Chitejé de Garabato
Cuyo significado es “Lugar de ríos chuecos” Es una de lascomunidades más progresistas, gracias al empeño de sus habitantes y a las excelentes tierras de cultivo con que cuenta. Se encuentra a dos kilómetros de los límites con el Estado de Michoacán y colinda con el ejido de Molinos. Sus habitantes son originarios de Chitejé de La Cruz pero se vinieron a vivir a este lugar, porque aquí les dieron sus parcelas y para venir a trabajarlas desde su lugar deorigen, tenían que caminar mucho.- Cuenta con: Jardín de Niños, Escuela Primaria, Escuela Tele Secundaria, un albergue que atiende a 50 personas, niños y jóvenes, que son atendidos por dos instructores y en donde se les brinda alimentación y hospedaje de lunes a viernes. También tiene casa de salud que es atendida por un médico y una enfermera, de lunes a viernes. Cuenta demás, con los servicios...