USO DE DATABASES DE ALGAS

Informe N°2
Introducción a la identificación de algunos Fungi y Algae mediante caracteres morfológicos e Identificación molecular de Procariotas y Algae utilizando el Ribosomal Database Proyect, Barcode Of Life, Algae DataBase y National Center For Biotecnology Information
Andrei Gonzales Iturri
Carrera de Biología-UMSA
Resumen
Los caracteres morfológicos y fisiológicos son expresionesfenotípicas importantes para la identificación de caracteres distintivos entre los grupos y para los mismos individuos. Las secuencias del gen 16S rRNA son la forma más conocida y utilizada para la identificación de Bacterias y Archae siendo un Cronómetro Molecular que nos permite trabajar en la Sistemática. Se Utilizó el Ribosomal Data Proyect, Barcode Of Life, Algae Database y National Center ForBiotecnology Information para poder identificar y obtener información sobre tres secuencias de bacterias a nivel de Género: Helicobacter sp., Clostridium sp. y Mycobacterium sp. con un nivel de similitud de 98,0%, 96,6% y 96,9% respectivamente y una especie de Algae Characiosiphon rivularis con un nivel de similitud de 100%, todos con orígenes desconocidos. Se sugiere utilizar la identificaciónmorfológica para organismos macroscópicos y la identificación molecular para organismos microscópicos. Posiblemente en un futuro se pueda definir la especie en bacterias gracias a las similitudes entre las secuencias de genes del 16S rRNA y de ésta forma se tendrá mayor claridad en la filogenia;dichas herramientas online citados anteriormente suelen ser muy útiles para llevar a cabo laidentificación, sin embargo deberían gestionar el ingreso de información en cuanto a las secuencias para evitar datos irreales en la base de datos, se concluye que el uso de 16S rRNA para análisis filogenéticos son los confiables hasta donde se reportaron, con comienzos a dejar en el pasado a la clasificación por pruebas bioquímicas.
Palabras Clave: Databases, Secuencias, Datos moleculares, especie bacteriana.Introducción
Los ácidos nucleicos y las proteínas, macromoléculas comunes a todos los seres vivos, cambian con el tiempo. Por ello, pueden considerarse como cronómetros moleculares o documentos de la historia evolutiva (Rodicio y Mendoza, 2004).
El uso de la secuencia de gen del 16S rRNA para estudiar la filogenia y taxonomía de bacterias ha sido utilizado más comúnmente por varias razones. Porsu presencia en casi todas las bacterias y archae, a menudo existente como una familia multigénica, u operones. La función del 16S rRNA no ha cambiado en el tiempo lo que sugiere que los cambios de secuencia aleatoria son una medida más precisa de tiempo (evolución). El tamaño del 16S rRNA (1.500 bp) es suficientemente grande para los propósitos de informática y minimiza las fluctuacionesestadísticas. La conservación en estructura secundaria puede servirde ayuda en las comparaciones, aportando una basepara el alineamiento preciso.Uno de los usos potenciales más atractivos de 16S rRNA es que las secuencias de genes mediante la informática nos facilita la identificación de género y especie para datos que no han encajado en los perfiles bioquímicos reconocidos, para las cepas que generansólo una "baja probabilidad" o identificación "aceptable", de acuerdo a los sistemas comerciales, o los taxones que rara vez se asocian con las enfermedades de infección humana (Janda y Abbott 2007 y Rodicio y Mendoza 2004).
Los ARNr 16S pueden caracterizarse en términos de secuencia parcial, marcado in vivo, y purificado, se trata con la enzima ribonucleasa T1. Los fragmentos generados se separan,determinándose posteriormente la secuencia de todos aquellos que incluyan al menos seis nucleótidos (amplificación del gen),determinación de la secuencia de nucleótidos del amplicón y las secuencias de la colección de fragmentos correspondientes a diferentes bacterias se alinean y comparan, utilizando programas informáticos,para calcular finalmente los coeficientes de asociación.En estas...