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1522 Primera incursión castellana sobre Colima, al mando de Juan Rodríguez de Villafuerte.

1523 (julio 25) Gonzalo de Sandoval funda en Caxitlán la primer villa de Colima e instala en ella el tercer cabildo de la Nueva España.
1524-1525 Francisco Cortés y el gran Colima. Conquista de los pueblos de Amula, pueblos de Ávalos y expedición hasta el río Santiago Ixcuintla.
1527 Se inicia laexploración marítima de la costa del Pacífico. Y (enero) La villa de Colima se traslada a su actual ubicación y recibe el nombre de villa de San Sebastián.
1531 Son segregados de Colima a favor de la Nueva Galicia los territorios al norte del río Marabasco; igualmente los Pueblos de Avalos -Sur de Jalisco- para formar la alcaldía mayor de Sayula.
1532 Primer padrón de vecinos de Colima.
1535.El conquistador Hernán Cortés estuvo en la Villa de Colima el 9 de enero y en presencia de 2 escribanos del Rey de España levantó su Mayorazgo del Valle de Oaxaca, que había sido una de las mercedes reales concedidas por el propio rey.
1540-1550 Vecinos de Colima van y vienen del Perú.
1550 Se segregan de Colima las provincias de Autlán y Amula. Y el licenciado Lebrón de Quiñones inició surecorrido a los 200 pueblos de la provincia de Colima en octubre 24, terminando en Taximaroa (hoy Ciudad Hidalgo) su relación sumaria de la visita a los pueblos de Colima en 1554.
1552-1554 Visita del oidor Lorenzo Lebrón de Quiñones. Fundación del convento de Almoloyan y de su hospital.
1554 Se funda el convento de San Francisco de Almoloyán.
1560 Se segregan de Colima las alcaldías de Motines yTuxpan-Zapotlán.
1563 Terremoto.
1564 Expedición de Legazpi-Urdaneta al descubrimiento de las Filipinas.
1565 Urdaneta culmina el tornaviaje.
1569 Álvaro de Mendaña, regresando de las Islas Salomón, toca las costas de Colima y deja semillas de cocotero.
1573 Huracán
1576 Terremoto y erupción del volcán.
1585 Terremoto.
1601 Los vecinos de Colima que habían tenido oficios públicos hacendeclaración de bienes.
1603 Incendio en la Villa de Colima.
1606 Erupción del volcán.
1609 Erupción e incendio que destruye parte de la Villa de Colima.
1612 La Villa de Colima apela contra un mandamiento real que exige la tala de las palmas de coco.
1615 (agosto) Batalla en el puerto de Santiago de Buena Esperanza-Manzanillo- entre las milicias de Colima al mando del capitán SebastiánVizcaíno y los piratas holandeses al mando de Joris van Speilbergen.
1616 Fuertes terremotos.
1623 Erupción del volcán.
1625 Terremoto.
1626 Ciclón que destruye huertas de cacao y casas de la Villa.
1668 Colima proclama por su patrón a san Felipe de Jesús
1680 Fuerte terremoto que provoca el derrumbe de templos y casas.
1690 Terremoto.
1725 Varias epidemias azotan pueblos de la provinciade Colima.
1745 Epidemia de sarampión.
1749 Son detenidos algunos oficiales de navíos piratas. Terremoto.
1762 Epidemia de matlazáhuatl o tabardillo.
1771 Terremoto.
1779 La viruela cunde.
1787 Fuerte sequía con pérdida de cosechas y hambre en la región.
1789 (abril 17) La parroquia de Colima es incorporada a la mitra de Guadalajara.
1790 Terremoto. Se suprimen los alcaldes mayoresy se nombra por primera vez un subdelegado
1792 El cura don Miguel Hidalgo y Costilla recibió el curato de Colima el 10 de marzo. Y Se establece la primer escuela gratuita del estado, promovida por el entonces párroco de Colima don Miguel Hidalgo.
1795 Colima pasa a ser Subdelegación de la Intendencia de Guadalajara.
1796 Colima pasa al obispado y a la intendencia de Guadalajara.
1798 Regresala viruela.
1799 Enfermos de lepra y jiricua son concentrados para su remisión a México por orden del virrey.
1806 Erupción del volcán.
1810 Conjura de indios de Almoloyan. En (octubre) Las autoridades aprehenden a los alcaldes indios de los pueblos que integraban el Cuartel de los Nahuales, bajo sospecha de planear una sublevación para sumarse a la rebelión encabezada por Miguel Hidalgo....