Alineamiento multiple nucleotidico del gen White collar 2 en hongos
Páginas: 7 (1599 palabras)
Publicado: 23 de abril de 2013
Práctica 5.
Alineamiento múltiple de secuencias nucleotídica.
INTRODUCCIÓN
Los alineamientos múltiples de secuencias (AMS o MSA en ingles), ya sean de nucleótidos o aminoácidos, son alineamientos de tres o más secuencias, que permiten localizar regiones conservadas entre las secuencias analizadas detectando probables sitios de homología, estos permiten develarinformación biológica, evolutiva. Su fin es lograr alinear las secuencias, permitiendo el máximo número de nucleótidos o aminoácidos coincidan, basándose en una función, llamada “scoring function”. La secuenciación de nuevos organismos, conlleva a la anotación de genomas y a su posterior caracterización mediante técnicas in silico, buscando homología contra genomas caracterizados mediante técnicasexperimentales identificando probables funciones, detectar diversos sitios clave, permitiendo identificar relaciones filogenéticas y probables ancestros en común.
Diversos puntos clave han de tomarse en cuenta al realizar alineamientos de secuencias nucleotídicas. En el caso de los eucariotas, en el estudio e identificación de transcritos, se debe de tener cuidado con la identificación deintrónes y exónes, así como de las regiones intergenicas, ya que una mala identificación puede provocar la inclusión de regiones intergenicas pequeñas, o la exclusión de intrónes muy grandes, provocando que nuestra secuencia cambie totalmente.
Si nuestro objetivo es localizar secuencias en genomas recién anotados, los alineamientos múltiples de secuencias homologas a la que buscamos permitiránlocalizar regiones conservadas, las cuales nos servirán de sondas. En el diseño de sondas se debe de buscar regiones conservadas, en el caso de localizar genes, se deben de buscar en exones o en el sitio activo de la proteína o gen en cuestión y si se trata de eucariotas, se debe de trabajar, de preferencia con secuencias aminoacídicas o en su defecto cDNA.
OBJETIVO
Diseñar una sonda,localizando regiones conservadas de secuencias nucleotídicas mediante alineamientos múltiples
Localizar genes homólogos en diversos organismos y realizar un árbol filogenético, determinando el grado de conservación de la función y estructura entre los diversos organismos comparándolo contra el grado de conservación de la secuencia proteínica, realizado en la práctica anterior, en los mismosorganismos.
METODOLOGÍA
1.- Hacer una sonda nucleotídica de 5 organismos de del reino hongo, que codifiquen para la proteína WC2, mediante un alineamiento múltiple, detectando las regiones conservadas.
2.-Encontrar las 50 secuencias nucleotídicas de las secuencias aminoacidicas utilizadas en la práctica anterior.
3.- Para las secuencias no encontradas, utilizar la sonda nucleotídica creada, comosegunda opción trasladar la secuencia aminoacidica a nucleotídica por medio de algún software.
4.- Realizar el alineamiento múltiple de las 50 secuencias, y compararlo con el alineamiento de la práctica anterior.
5.-Realizar el árbol filogenético del alineamiento y compararlo con el de la practica anterior.
RESULTADOS
En lapráctica anterior se realizo un alineamiento múltiple y un dendograma de la proteína WC2, proveniente de 50 diferentes organismos pertenecientes al reino de los hongos. Para esto se diseño una sonda, tomando como base 5 secuencias reportadas como Rim101 mediante técnicas experimentales. Esto nos permitió encontrar regiones conservadas, probablemente relacionadas con la función de la proteína en losrespectivos organismos, su grado de conservación y evolución entre las diversas especies .
En la presente práctica se realizara un alineamiento múltiple de la secuencia nucleotídica y un dendograma del gen wc2. Se comparara el grado de conservación de la secuencia nucleotídica contra la secuencia aminoacídica entre los diversos grupos de hongos.
1. Realizar un alineamiento del gen de...
Alineamiento múltiple de secuencias nucleotídica.
INTRODUCCIÓN
Los alineamientos múltiples de secuencias (AMS o MSA en ingles), ya sean de nucleótidos o aminoácidos, son alineamientos de tres o más secuencias, que permiten localizar regiones conservadas entre las secuencias analizadas detectando probables sitios de homología, estos permiten develarinformación biológica, evolutiva. Su fin es lograr alinear las secuencias, permitiendo el máximo número de nucleótidos o aminoácidos coincidan, basándose en una función, llamada “scoring function”. La secuenciación de nuevos organismos, conlleva a la anotación de genomas y a su posterior caracterización mediante técnicas in silico, buscando homología contra genomas caracterizados mediante técnicasexperimentales identificando probables funciones, detectar diversos sitios clave, permitiendo identificar relaciones filogenéticas y probables ancestros en común.
Diversos puntos clave han de tomarse en cuenta al realizar alineamientos de secuencias nucleotídicas. En el caso de los eucariotas, en el estudio e identificación de transcritos, se debe de tener cuidado con la identificación deintrónes y exónes, así como de las regiones intergenicas, ya que una mala identificación puede provocar la inclusión de regiones intergenicas pequeñas, o la exclusión de intrónes muy grandes, provocando que nuestra secuencia cambie totalmente.
Si nuestro objetivo es localizar secuencias en genomas recién anotados, los alineamientos múltiples de secuencias homologas a la que buscamos permitiránlocalizar regiones conservadas, las cuales nos servirán de sondas. En el diseño de sondas se debe de buscar regiones conservadas, en el caso de localizar genes, se deben de buscar en exones o en el sitio activo de la proteína o gen en cuestión y si se trata de eucariotas, se debe de trabajar, de preferencia con secuencias aminoacídicas o en su defecto cDNA.
OBJETIVO
Diseñar una sonda,localizando regiones conservadas de secuencias nucleotídicas mediante alineamientos múltiples
Localizar genes homólogos en diversos organismos y realizar un árbol filogenético, determinando el grado de conservación de la función y estructura entre los diversos organismos comparándolo contra el grado de conservación de la secuencia proteínica, realizado en la práctica anterior, en los mismosorganismos.
METODOLOGÍA
1.- Hacer una sonda nucleotídica de 5 organismos de del reino hongo, que codifiquen para la proteína WC2, mediante un alineamiento múltiple, detectando las regiones conservadas.
2.-Encontrar las 50 secuencias nucleotídicas de las secuencias aminoacidicas utilizadas en la práctica anterior.
3.- Para las secuencias no encontradas, utilizar la sonda nucleotídica creada, comosegunda opción trasladar la secuencia aminoacidica a nucleotídica por medio de algún software.
4.- Realizar el alineamiento múltiple de las 50 secuencias, y compararlo con el alineamiento de la práctica anterior.
5.-Realizar el árbol filogenético del alineamiento y compararlo con el de la practica anterior.
RESULTADOS
En lapráctica anterior se realizo un alineamiento múltiple y un dendograma de la proteína WC2, proveniente de 50 diferentes organismos pertenecientes al reino de los hongos. Para esto se diseño una sonda, tomando como base 5 secuencias reportadas como Rim101 mediante técnicas experimentales. Esto nos permitió encontrar regiones conservadas, probablemente relacionadas con la función de la proteína en losrespectivos organismos, su grado de conservación y evolución entre las diversas especies .
En la presente práctica se realizara un alineamiento múltiple de la secuencia nucleotídica y un dendograma del gen wc2. Se comparara el grado de conservación de la secuencia nucleotídica contra la secuencia aminoacídica entre los diversos grupos de hongos.
1. Realizar un alineamiento del gen de...
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