Análisis bioinformático de secuencias del gen 12sRNA de diferentes organismos para la construcción de árboles filogenéticos por ClustalW, diseño y evaluación de primers en Primer3

Análisis bioinformático de secuencias del gen 12sRNA de diferentes organismos para la construcción de árboles filogenéticos por ClustalW, diseño y evaluación de primers en Primer3



RESUMEN

Esta práctica de laboratorio tuvo por objetivo conocer y manipular herramientas básicas de bioinformática que nos permitieran desarrollar algunos aspectos básicos de su utilización, para llevar acabo alineamientos de secuencias evolutivas del 12S RNA identificándolo dentro de cromosomas de distintos seres vivos para análisis filogenéticos y finalmente el diseño y evaluación oligonucleótidos para reacciones de PCR. Inicialmente se buscaron y bajaron secuencias de genes específicos, con números de acceso para luego introducirlas en programas diseñados para este fin, tal como lo es elprograma CLUSTAL W que permitió comparar dichas secuencias, para así construir un cladograma que dejo a la vista las relaciones filogenéticas entre las especies evaluadas permitiendo establecer semejanzas y diferencias entre las distintas especies analizadas, agrupando especies hermanas que concuerdaron lo reportado en al literatura, tal como Pan paniscus y Pan troglodytes y entre Balaenopteraphysalus y Balaenoptera musculus. La siguiente parte consistió en diseñar y evaluar oligonucleótidos para reacciones de PCR, permitiéndonos diseñar los primers por la herramienta bioinformática Primer3 para su posterior evaluación en iPCR.

Palabras Clave: 12S RNA, Cladograma, Primers, cromosomas

ABSTRACT

This lab was to identify and manipulate basic bioinformatics tools that allow us todevelop some basic aspects of their use to carry out evolutionary sequence alignments of the 12S RNA identifying different chromosomes within living for phylogenetic analysis and finally the oligonucleotides for design and evaluation of PCR reactions. Fell initially sought and specific gene sequences with access numbers and then enter them in programs designed for this purpose , as is the programCLUSTAL W it possible to compare these sequences in order to construct a cladogram that left relationships sight phylogenetic among the evaluated possible to establish similarities and differences between the different species analyzed , grouping species concuerdaron sisters that reported in the literature , such as Pan troglodytes and Pan paniscus and between Balaenoptera physalus and Balaenopteramusculus . The next part was to design and evaluate oligonucleotides for PCR reactions , allowing us to design primers for Primer3 bioinformatics tool for evaluation in iPCR .

Keywords : 12S RNA , Cladograma , Primers, chromosomes

INTRODUCCIÓN

La bioinformática se podría definir como el estudio de la información biológica usando herramientas de computación y matemáticas, permitiendo integrardiferentes ciencias ayudando a entender el flujo de información desde diferentes perspectivas. Si bien algunos restringen el rango de estudio de esta al manejo de y análisis de datos enfocados principalmente a las secuencias, también se le puede dar un rango más amplio de aplicación como la apreciación, almacenamiento, manipulación y correlación de datos biológicos (1)

Un árbol filogenéticoes un diagrama que muestra una reconstrucción de las relaciones evolutiva entre organismos (Purves, 2009). Los arboles filogenéticos se usan por lo general para representar la historia evolutiva de las especies, poblaciones y genes. Cada división (o nodo) en un árbol filogenético representa un punto en el cual los linajes divergieron en el pasado. En el caso de las especies, estos nodos representansucesos pasados de especiación cuando un linaje se divide en dos. Así, un árbol filogenético puede emplearse para trazar las relaciones evolutivas del ancestro común más antiguo de un grupo de especies, a través de diversos sucesos de especiación cuando los linajes se dividieron, hasta las poblaciones presentes de los organismos (Purves, 2009).

Un árbol evolutivo puede retratar la historia...