estadistica

varía entre distintos linajes y secuencias. Con estas premisas, el método de Neighbor-joining representa mejor la situación real que el UPGMA, por lo que en la actualidad se utiliza más.
Fitch-Margoliash[editar]
El método de Fitch-Margoliash emplea cuadrados mínimos ponderados para el agrupamiento basado en distancia genética.10 A las secuencias relacionadas de manera más estrecha se lesasigna una mayor valoración en el proceso de construcción del árbol para contrapesar el aumento de la inexactitud al medir distancias entre secuencias relacionadas de forma distante.
El criterio de los cuadrados mínimos aplicado a estas distancias es más exacto pero menos eficiente que los métodos de neighbor-joining. Encontrar el árbol óptimo mediante cuadrados mínimos con cualquier factor decorrección es un problema NP-completo,11 así que a través del espacio de árboles se emplean métodos de búsqueda heurística, como aquellos usados en los análisis de máxima parsimonia.
Uso de grupos externos[editar]
Se puede emplear información independiente acerca de las relaciones filogenéticas entre secuencias o grupos para reducir el espacio de búsqueda y enraizar los árboles. En el uso estándar demétodos de matrices de distancia se incluye al menos un grupo externo (en inglés, outgroup), es decir, una secuencia de la que se sabe que solamente está relacionada de forma distante con las secuencias de interés para la investigación.3 Esta secuencia se puede entender como grupo de control.
Si el grupo externo se elige bien, debería estar separado de los demás por una mayor distancia genética, ypor lo tanto, en el árbol será una rama de mucha mayor longitud que el resto y con un nodo más cercano a la raíz. Para escoger un grupo apropiado hay que seleccionar una secuencia que esté relacionada hasta cierto punto con las secuencias de interés: si está demasiado próxima, no cumple bien el propósito de un grupo externo y si está demasiado alejada, distorsiona el análisis.3
Un punto que sedebe tener en cuenta es que el tomar secuencias procedentes de una especie relacionada de forma distante no asegura el éxito, pues podría suceder que la porción del genoma que se estudia sea una que presenta escasa variación entre linajes. La transferencia horizontal de genes, especialmente ente bacterias que de otro modo no tendrían semejanzas genéticas importantes, también puede afectar el uso degrupos externos.
Máxima parsimonia[editar]
El método de máxima parsimonia (MP) es un método de gran utilidad en diversos campos de la ciencia y uno de los métodos más utilizados en la reconstrucción de árboles filogenéticos, basado en el principio de parsimonia. El método de máxima parsimonia en la reconstrucción filogenética tiene como objetivo la búsqueda e identificación de un posible árbolfilogenético que requiera el menor número de eventos evolutivos ( mínimo de cambios evolutivos o pasos de un estado a otro) para dar explicación a los procesos o fenómenos observados. Esta idea fue extraída de la argumentación filosófica de la navaja de Ockham de Guillermo de Ockham en la que defiende que si se parte de dos o más hipótesis que dan lugar a explicaciones igual de válidas para unacontecimiento dado, la hipótesis más simple tiene mayor probabilidad de ser la correcta para explicar el fenómeno.
Análisis[editar]
Desde la década de los 70 el método de máxima parsimonia ha sido uno de los métodos más utilizados para la reconstrucción de árboles filogenéticos. Aunque en la actualidad se utilizan otros métodos con mayor frecuencia tales como el método de máxima verosimilitud (ML),inferencia bayesiana (IB), método de matriz de distancias...; el método de máxima parsimonia sigue siendo de gran utilidad y de suma importancia en el campo de estudio de filogenias moleculares, a pesar de presentar ciertas limitaciones.
Los datos que se utilizan para la realización de filogenias moleculares se recogen en una matriz que puede estar formada por secuencias de ADN previamente...