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La taxonomía biológica será aquí tratada como una subdisciplina de la biología sistemática, que además tiene como objetivo la reconstrucción de la filogenia, o historia evolutiva, de la vida.nota 2Es parte de la taxonomía dividir toda la diversidad de la vida en taxones anidados, acomodados en sus respectivas categorías taxonómicas. Para ello, la escuela cladista (la que predomina hoy en día),decide qué clados convertir en taxones correctamente "nombrados" (un clado es lo que se toma luego de realizar un único corte en el cladograma). Según esta escuela, un taxón es un clado al que alnombrarlo, se le asigna un nombre en latín (el "nombre científico"), una categoría taxonómica, un "tipo", una descripción que lo diferencie de los demás taxones de la misma categoría, y se publica en unarevista científica para ponerlo a disposición de los usuarios finales. La nomenclatura es la subdisciplina que se ocupa de reglamentar los pasos que dan nombre a un taxón, y que provee las reglas paraque cada taxón tenga un único "nombre correcto", escitas en los Códigos Internacionales de Nomenclatura.
Un árbol filogenético es un árbol que muestra las relaciones evolutivas entre varias especiesu otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común. Un árbol filogenético es una forma de cladograma.
A diferencia de los árboles genealógicos, en los que se utiliza informaciónproporcionada por los familiares, para los árboles filogenéticos se usa información proveniente de fósiles, así como aquélla generada por la comparación estructural y molecular de los organismos.
Tanto losárboles genealógicos como los filogenéticos tienen un tronco y ramas, pero en los últimos se muestran las relaciones entre especies y no entre individuos.
Los árboles filogenéticos se construyentomando en cuenta la teoría de la evolución, que nos indica que todos los organismos son descendientes de un ancestro común: la protocélula. Así, todos los organismos, ya sean vivos o extintos, se...