PDK1
Páginas: 5 (1216 palabras)
Publicado: 29 de mayo de 2014
PKD1 Polycystic kidney disease 1 (autosomal dominant) o PBP
La Mutaciones de PKD1 es una de las causas de “enfermedad poliquística renal autosómica dominante humana” ( ADPKD), enfermedad que da nombre a este gen. Esta patología es conducida por 3 mutaciones en locis separados, PKD1 (85%), PKD2 ( 10%) y en un tercer gen denominado PKD3, con manifestaciones clínicas indistinguible. LaAPDKD1 es un desorden genético común que afecta a 1 de cada 1000 personas, se caracteriza por la aparición progresiva de múltiples quistes epiteliales rellenos de fluido. El desarrollo del quiste va acompañado de destrucción del parénquima, fibrosis intersticial, filtración celular y perdida de función neuronal resultando en un fallo renal.
Este gen codifica una glicoproteína, el precursoPolycystin-1, que es una proteína transmembrana con una gran región N-terminal extracelular y una cola citoplasmática C-terminal. Funciona como canal catiónico regulando la permeabilidad del calcio y por tanto la homeostasis intracelular de este catión.
La secuenciación de PKD1 fue complicada porque este gen tiene duplicada una gran parte de su secuencia. Un número indeterminado de genes (HG) ,localizados en la región cromosomíca 16p13.1, comparten un 95% de homología con este gen. El análisis del mRNA de estos homologos ha demostrado que tienen un codón de inicio de traducción no optimo, es decir que estas especies no se traducen siendo pseudogenes. Hasta la fecha se han descrito 6 pseudogenes en el brazo pequeño del cromosoma 16.
Este gen fue mapeado en el brazo pequeño delcromosoma 16 (p13.3; 16: 2.078.712-2.125.900) en la cadena reversa, empleando para ello como marcadores una región rica en genes (500 kb ) entre los que se encuentra el locus TSC2 de la Esclerosis tuberosa que es el gen adyacente al PKD1 por su extremo 3´. En el extremo 5´los genes adyacentes son RAB26 un miembro de la familia de los oncogenes RAS y TRAF7 el receptor de TNF asociado a factor 7.
Setrata de un gen de gran tamaño de 47,19kb que ensambla un trascrito de 46 exones.
La información de este gen se encuentra en la base de datos Ensembl con la numeración ENSG00000008710 o en Genbank NC-0000168 (http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000008710). Se identificaron 3 transcritos apartir de la secuencia génica predichos por ensemble genebuild:
-PKD1-201ENST00000382481 con 14014 pb con 47 exones y 1230 residuos ENSP00000371921
-PKD1-202 ENST00000306101 con 12140 pb con 51 exones y 3637 residuos ENSP00000302503
-PKD1-203 ENST00000262304 con 14138 pb con 46 exones y 4303 residuos ENSP00000262304
En el Genbank por su parte hay 2 secuencias curadas de transcritos (Refseq):
- Transcrito mRNA variante 1 de 14138pb NM_001009944.2 que codificala polycistin 1 Isoforma 1 con 4303 residuos aminoacídicos NP_001009944
- Transcrito mRNA variante 2 de 14135pb NM_000296.3 que codifica la polycistin 1 Isoforma 2 con 4302 residuos aminoacídicos NP_000287.3. Esta variante usa un sitio aceptor de splice alternativo 3 nucleótidos downstream del que usa el variante 1 en la unión de uno de los exones ( No tiene la serina de la posición10375-10377 del variante 1)
PKD1-203 y el trascrito variante 1 del Genbank corresponden a la misma secuencia siendo este transcrito miembro de la of the Human CCDS CCDS32369
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi?REQUEST=CCDS&DATA=CCDS32369
En este enlace se pueden observar la secuencia del transcrito y de la proteína, además de presentar una tabla donde se indican las posiciones, dentrode la secuencia del gen, de los 46 exones que codifican la proteína. También nos permite ver donde están localizados los posibles exones alternativos.
Una forma más visual y sencilla de ver la posición de los exones es en el transcript summary del ensembl, donde además de ver esto podemos visualizar las UTR5´y 3´ así como la posición de los intrones con su sitio de inicio (gt) y su sitio de...
La Mutaciones de PKD1 es una de las causas de “enfermedad poliquística renal autosómica dominante humana” ( ADPKD), enfermedad que da nombre a este gen. Esta patología es conducida por 3 mutaciones en locis separados, PKD1 (85%), PKD2 ( 10%) y en un tercer gen denominado PKD3, con manifestaciones clínicas indistinguible. LaAPDKD1 es un desorden genético común que afecta a 1 de cada 1000 personas, se caracteriza por la aparición progresiva de múltiples quistes epiteliales rellenos de fluido. El desarrollo del quiste va acompañado de destrucción del parénquima, fibrosis intersticial, filtración celular y perdida de función neuronal resultando en un fallo renal.
Este gen codifica una glicoproteína, el precursoPolycystin-1, que es una proteína transmembrana con una gran región N-terminal extracelular y una cola citoplasmática C-terminal. Funciona como canal catiónico regulando la permeabilidad del calcio y por tanto la homeostasis intracelular de este catión.
La secuenciación de PKD1 fue complicada porque este gen tiene duplicada una gran parte de su secuencia. Un número indeterminado de genes (HG) ,localizados en la región cromosomíca 16p13.1, comparten un 95% de homología con este gen. El análisis del mRNA de estos homologos ha demostrado que tienen un codón de inicio de traducción no optimo, es decir que estas especies no se traducen siendo pseudogenes. Hasta la fecha se han descrito 6 pseudogenes en el brazo pequeño del cromosoma 16.
Este gen fue mapeado en el brazo pequeño delcromosoma 16 (p13.3; 16: 2.078.712-2.125.900) en la cadena reversa, empleando para ello como marcadores una región rica en genes (500 kb ) entre los que se encuentra el locus TSC2 de la Esclerosis tuberosa que es el gen adyacente al PKD1 por su extremo 3´. En el extremo 5´los genes adyacentes son RAB26 un miembro de la familia de los oncogenes RAS y TRAF7 el receptor de TNF asociado a factor 7.
Setrata de un gen de gran tamaño de 47,19kb que ensambla un trascrito de 46 exones.
La información de este gen se encuentra en la base de datos Ensembl con la numeración ENSG00000008710 o en Genbank NC-0000168 (http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000008710). Se identificaron 3 transcritos apartir de la secuencia génica predichos por ensemble genebuild:
-PKD1-201ENST00000382481 con 14014 pb con 47 exones y 1230 residuos ENSP00000371921
-PKD1-202 ENST00000306101 con 12140 pb con 51 exones y 3637 residuos ENSP00000302503
-PKD1-203 ENST00000262304 con 14138 pb con 46 exones y 4303 residuos ENSP00000262304
En el Genbank por su parte hay 2 secuencias curadas de transcritos (Refseq):
- Transcrito mRNA variante 1 de 14138pb NM_001009944.2 que codificala polycistin 1 Isoforma 1 con 4303 residuos aminoacídicos NP_001009944
- Transcrito mRNA variante 2 de 14135pb NM_000296.3 que codifica la polycistin 1 Isoforma 2 con 4302 residuos aminoacídicos NP_000287.3. Esta variante usa un sitio aceptor de splice alternativo 3 nucleótidos downstream del que usa el variante 1 en la unión de uno de los exones ( No tiene la serina de la posición10375-10377 del variante 1)
PKD1-203 y el trascrito variante 1 del Genbank corresponden a la misma secuencia siendo este transcrito miembro de la of the Human CCDS CCDS32369
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CCDS/CcdsBrowse.cgi?REQUEST=CCDS&DATA=CCDS32369
En este enlace se pueden observar la secuencia del transcrito y de la proteína, además de presentar una tabla donde se indican las posiciones, dentrode la secuencia del gen, de los 46 exones que codifican la proteína. También nos permite ver donde están localizados los posibles exones alternativos.
Una forma más visual y sencilla de ver la posición de los exones es en el transcript summary del ensembl, donde además de ver esto podemos visualizar las UTR5´y 3´ así como la posición de los intrones con su sitio de inicio (gt) y su sitio de...
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