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En la década de los 80, los Estados Unidos se arrogó el territorio hondureño como plataforma para su guerra fría en América Central. En los vecinos países de Nicaragua, El Salvador y Guatemala se agravaban los conflictos civiles, y los Estados Unidos presentían la amenaza comunista. Situado en el centro de este campo de batalla, Honduras fue la apuesta de EE.UU., y acabó profundamente sumergidaen los conflictos de sus vecinos. También adoptó la política, promovida por EE.UU., de proteger la seguridad nacional eliminando las amenazas insurgentes o subversivas observadas dentro de sus fronteras: una política que condujo a la tortura y la desaparición de cientos de civiles.
Unos 15.000 nicaragüenses, pertenecientes a la Contra operaban desde bases clandestinas en territorio hondureño,siendo el más conocido el llamado «el Aguacate». Financiada, equipada y entrenada por los Estados Unidos, la Contra cruzaba la frontera con Nicaragua para atacar e intentar derrocar al gobierno Sandinista de izquierda. Los Estados Unidos también construyeron y pusieron el personal del Centro Regional de Entrenamiento Militar, donde soldados salvadoreños y guatemaltecos hacían cursos sobre técnicascontra la insurgencia para combatir a los movimientos guerrilleros de sus países.

Además, los Estados Unidos construyeron bases aéreas en Honduras, la mayor de las cuales fue la de Palmerola, y miles de tropas estadounidenses se establecieron en Honduras para participar en numerosos ejercicios de entrenamiento. La ayuda militar a Honduras aumentó de forma ingente de 3,9 millones de dólares en1980 a 77,4 millones en 1984.
Entre 1980 y 1984, los Estados Unidos fomentaron la aplicación de su doctrina de seguridad nacional en Honduras. Bajo esta doctrina, imperante durante la guerra fría, las fuerzas de seguridad se centraban no en amenazas externas, sino en la subversión interna potencial. Se hizo prioritario erradicar la disidencia, a menudo sin respetar los derechos humanos de laspersonas señaladas como subversivos potenciales. De acuerdo al antiguo comisario de derechos humanos hondureño, Leo Valladares, la doctrina de seguridad nacional facilitó el marco para «una guerra sucia contra cualquier cosa o persona considerada subversiva».
El gobierno estadounidense también persuadió a los militares hondureños para que instituyeran una democracia constitucional y entregaran elcontrol a líderes civiles. El primer presidente civil, un doctor en medicina llamado Roberto Suazo Córdoba, ocupó el puesto de 1982 a 1986. Durante su mandato, Suazo Córdoba dio el respaldo del gobierno democrático a las políticas de Washington, y gobernó a la sombra de los militares hondureños, sirviendo básicamente de presidente nominal.
Así, la institución de la presidencia civil sirvió comotapadera que ocultó mezquinamente el hecho de que los militares conservaban el control de la sociedad hondureña. Durante el resto de la década, las administraciones de Suazo Córdoba y sus sucesores civiles aplicaron sistemática y rigurosamente la doctrina de seguridad nacional en Honduras. Los militares controlaban todos los aspectos de la seguridad interna hondureña, incluyendo el mando de lasfuerzas policiales nacionales.
El mayor defensor en Honduras de la doctrina de seguridad nacional, y poder tras el presidente, era el ultraconservador Gral. Gustavo Adolfo Álvarez Martínez. Su liderazgo como Comandante en Jefe de las fuerzas armadas hondureñas de abril de 1982 a marzo de 1984, en que fue desbancado por un golpe militar interno, inició un periodo de crueles violaciones de los derechoshumanos, sin precedente en la historia del país.

Al menos 200 civiles supuestamente subversivos –incluyendo estudiantes, campesinos, líderes sindicales y religiosos progresistas– fueron víctimas de tortura, «desapariciones» y asesinatos en Honduras en los 80, con apariencia de «seguridad nacional».
Graduado en 1961 en la Academia Militar Argentina, Álvarez Martínez aplicó las tácticas más...