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El gobernador decretó penas durísimas para todo aquel que le prestase ayuda y ofreció una cuantiosa recompensa por su captura, ya fuese vivo o muerto. Poco a poco fue logrando sus objetivos y lamayoría de las tropas españolas se destinaron a combatirle, lo cual debilitó las defensas de la frontera y permitió el paso de las tropas libertadoras de San Martín. El mismo día que éstas obtuvieron lavictoria de Chacabuco, el 12 de febrero de 1817, Rodríguez Erdoiza conquistó la ciudad de San Fernando, tras lo que se autoproclamó jefe superior de la provincia de Colchagua.

El ejército chilenofue derrotado en Cancharrayada, lo que hizo que los españoles recuperaran la soberanía sobre Chile. Rodríguez Erdoiza, en vez de huir hacia Argentina, como hicieron la mayoría de los generalesindependentistas, permaneció en su país y trató de reorganizar los restos de las tropas derrotadas.

Bajo el lema de "Aún tenemos patria", tomó las riendas de la situación y consiguió que las tropasestuvieran en poco tiempo de nuevo preparadas para presentar batalla. Creó el famoso escuadrón de los Húsares de la Muerte, importante unidad de élite, que tuvo una participación decisiva en la consecución dela independencia. Junto a San Martín consiguió la concluyente victoria de Maipú, tras la que Chile obtuvo su independencia definitiva.

Su creciente fama y prestigio levantó suspicacias entre losmiembros de la Logia Lautaro, de la que formaban parte los principales generales del ejército liberador como Bernardo O'Higgins y José de San Martín, por lo que trataron de acabar con su prometedoracarrera política. Fue acusado de actuar contra el gobierno y de apoyar los planes de José Miguel Carrera Verdugo, por lo que fue detenido y enviado a la fortaleza de Quillota para ser sometido a unconsejo de guerra.

El 25 de mayo de 1818 fue sacado del cuartel de San Pablo, de donde estaba preso, para conducirlo a Valparaíso por la cuesta de la Dormida, custodiado por una compañía del batallón...