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Recursos naturales del Municipio de San José 
El municipio de San José cuenta con canales naturales, los cuales atraviesan la cabecera. Tal es el caso del Canal de Ubico y su afluentes, un pequeño canal en el Barrio Peñate, y el Canal de Chiquimulilla.  La flora que se aprecia en el municipio y sus perfiles, se debe al clima cálido- húmedo, a lo continuo y copioso de sus lluvias, y al riesgonatural que los canales ofrecen. La biodiversidad que se observa a lo largo de los canales referidos, es notoria, en algunos casos exóticos y endémicos. También cabe mencionar, que los canales son utilizados para la pesca informal, para la navegación informal, en algunos tramos de su recorrido. A pesar del actual deterioro, la vida acuática y su biología es evidente, indican con esto la vitalidadde los cuerpos de agua.
Este detalle de virtudes, actualmente se ve minimizado ante la contaminación de sus aguas, producto en gran parte, por las múltiples descargas de aguas residuales en forma directa provenientes de la industria y comercio privado. Los malos olores (intensificados en horas de mayor calor), son perceptibles y desagradables. La coloración de estos cuerpos de agua se ha tornadodesagradable, al evidenciar contaminación física. Las aguas grisáceas y turbias transmiten una sensación desagradable de contaminación y automáticamente son focos productores de enfermedades gastrointestinales y dermatológicas. Definitivamente la calidad microbiológica de estos cuerpos de agua está alterada y en riesgo de ser un vehículo contaminante, ante el uso complementario que actualmentelos pobladores les dan, con fines de pesca, recreo, uso personal, y navegación informal.
A medida que la contaminación continúe y avance en cantidad y profundidad, en esa medida se deteriorarán estos cuerpos de agua, hasta llegar al colapso o muerte. La contaminación orgánica producirá el agotamiento del oxígeno contenido en el agua, provocando la pérdida progresiva de la vida acuática.Definitivamente los beneficios de rehusar estos cuerpos de agua (para pesca artesanal, uso personal, navegación informal, recreo, etc.) se verán reducidos. El impacto de la navegación será no solo ecológico sino de repercusión a los pobladores, al entorno y ambiente. Habrá que recordar que el municipio de San José, es la casa y habitación de todos los pobladores que radican en él, en su hogar y medio devida. Este hogar se verá seriamente afectado por este nefasto y oscuro panorama.
Adicionalmente, la contaminación del suelo producto del escurrimiento superficial de las aguas residuales, en los patios de las viviendas, en las calles, en los terrenos agrícolas, es un hecho diario, en los sectores de la población con mayor escasez (en especial el Barrio Peñate y sector Nor-Oeste). La pérdida delpotencial de estos suelos, ante la contaminación microbiológica es un hecho que día a día se registra. En muchos de estas calles, el transitar por  ellas se convierte en un hecho desagradable y molesto para vivir. Sumando a esto, se genera el desprestigio de la cabecera municipal. Un lugar limpio, ordenado y agradable, es buscado para vivir y para disfrutarlo en vías de recreo y paseo. Todo locontrario sucede ante un entorno paisajístico totalmente deteriorado y no apto para la promoción turística.
Hidrografía
El municipio cuenta con río, canal y sanjones que desembocan en el océano Pacífico. Entre los más importantes están: río Achíguate, Canal de Chiquimulilla. En el municipio de San José no existe un plan de manejo y cuidado del recurso hídrico, situación que provoca por un lado lacontaminación de los ríos  y los mantos freáticos existentes. Y por otro no se tiene una adecuada valoración de los niveles de riesgos de las poblaciones que viven en las riberas de los ríos  y sitios cercanos.
Suelos y topografía
La topografía del área del municipio Puerto San José, es de una franja plana a lo ancho del Océano Pacífico, con una extensión aproximada 280 km2.  De acuerdo a la...