dominio proteico
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Publicado: 3 de diciembre de 2013
Dominio proteico
Proteína con tres dominios (PDB 1pkn).
Un dominio proteico es la zona de la proteína donde se halla mayor densidad. Es decir, donde hay mas plegamientos. Una cadena polipéptidica puede tener uno o más dominos. Si una proteína está formada por más de una cadena polipeptidica, los dominios de cada cadena de polipéptidos son sus dominios. Inclusive una proteina formada pormás de una cadena polipéptidica puede tener un solo dominio, compartido por las cadenas de polipéptidos.
Un dominio proteico puede ser funcional si es una unidad modular de la proteína que lleva a cabo una función bioquímica determinada, yestructural si se refiere a un componente estable de la estructura.1
[editar]Métodos
El método de Wodak y Janin2 se fundamenta en las zonas de interfaz calculaentre dos segmentos de la cadena con varias incidencias en posiciones diferentes de residuos. Las áreas de interfaz se calculan mediante la comparación de las superficies de los segmentos troceados con el de la estructura nativa. Dominio de los límites potenciales pueden ser identificados en un sitio donde la zona de interfase se encontraba en un mínimo. Otros métodos han utilizado medidas deaccesibilidad disolvente para calcular la compacidad.
[editar]Referencias
1. ↑ Nelson, Peter (2006). Bioquímica ilustrada. Ed. Elsevier España. ISBN 84-458-1604-7.
2. ↑ Wodak, S. J. and Janin, J (1981). Location of structural domains in protein. Biochemistry. pp. 6544–6552. ISBN 84-458-1604-7.
[editar]Enlaces externos
Wikimedia Commons alberga contenido multimedia sobre Dominio proteico.Dominios
Son unidades estructurales compactas, estables, dentro de una proteina, formadas por segmentos de una cadena peptidica que se pliegan de forma independiente, con una estructura y funcion distinguible de otras regiones de la proteina y estabilizadas por las mismas fuerzas que la estructura terciaria.
Siguiendo esta definicion, es posible distinguir tres dominios en esta representacion dela Piruvato Kinasa:
Los dominios pueden considerarse como unidades elementales de la estructura y evolucion de las proteinas, que son capaces de plegarse y de funcionar de una manera relativamente autonoma. Un dominio a veces esta formado por motivos, pero otras veces no contiene ninguno.
La estructura terciaria de muchas proteinas esta formada por varios dominios.
Funciones delos Dominios:
A menudo un dominio realiza una funcion especifica y separada para la proteina:
- Enlaza a un pequenho ligando
- “Atravezar” la membrana plasmatica (proteinas transmembrana)
- Contiene el sitio catalitico (enzimas)
- Enlazar al DNA (en factores de transcripcion)
- Provee una superficie para enlazarse especificamente a otra proteina.
En algunos casos (notodos), cada dominio de una proteina es codificado por un exon separado en el gen que codifica a la proteina.
Un dominio proteico es la zona de la proteína donde se halla mayor densidad. Es decir, donde hay mas plegamientos. Una cadena polipéptidica puede tener uno o más dominos. Si una proteína está formada por más de una cadena polipeptidica, los dominios de cada cadena de polipéptidos son susdominios. Inclusive una proteina formada por más de una cadena polipéptidica puede tener un solo dominio, compartido por las cadenas de polipéptidos.
Un dominio proteico puede ser funcional si es una unidad modular de la proteína que lleva a cabo una función bioquímica determinada, y estructural si se refiere a un componente estable de la estructura.
uerzas de Van der Waals
En química:Las fuerzas de van der Waals, se conocen también como fuerzas de dispersión, a que se debe esta expresión, es que se encuentran presentes en las moléculas de muy baja polaridad, la podemos ver en los hidrocarburos. Las fuerzas de van der Waals se originan como resultado de diversos movimientos de electrones, cuando una porción de la molécula en cierto instante se torna ligeramente negativa, en tanto...
Proteína con tres dominios (PDB 1pkn).
Un dominio proteico es la zona de la proteína donde se halla mayor densidad. Es decir, donde hay mas plegamientos. Una cadena polipéptidica puede tener uno o más dominos. Si una proteína está formada por más de una cadena polipeptidica, los dominios de cada cadena de polipéptidos son sus dominios. Inclusive una proteina formada pormás de una cadena polipéptidica puede tener un solo dominio, compartido por las cadenas de polipéptidos.
Un dominio proteico puede ser funcional si es una unidad modular de la proteína que lleva a cabo una función bioquímica determinada, yestructural si se refiere a un componente estable de la estructura.1
[editar]Métodos
El método de Wodak y Janin2 se fundamenta en las zonas de interfaz calculaentre dos segmentos de la cadena con varias incidencias en posiciones diferentes de residuos. Las áreas de interfaz se calculan mediante la comparación de las superficies de los segmentos troceados con el de la estructura nativa. Dominio de los límites potenciales pueden ser identificados en un sitio donde la zona de interfase se encontraba en un mínimo. Otros métodos han utilizado medidas deaccesibilidad disolvente para calcular la compacidad.
[editar]Referencias
1. ↑ Nelson, Peter (2006). Bioquímica ilustrada. Ed. Elsevier España. ISBN 84-458-1604-7.
2. ↑ Wodak, S. J. and Janin, J (1981). Location of structural domains in protein. Biochemistry. pp. 6544–6552. ISBN 84-458-1604-7.
[editar]Enlaces externos
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Son unidades estructurales compactas, estables, dentro de una proteina, formadas por segmentos de una cadena peptidica que se pliegan de forma independiente, con una estructura y funcion distinguible de otras regiones de la proteina y estabilizadas por las mismas fuerzas que la estructura terciaria.
Siguiendo esta definicion, es posible distinguir tres dominios en esta representacion dela Piruvato Kinasa:
Los dominios pueden considerarse como unidades elementales de la estructura y evolucion de las proteinas, que son capaces de plegarse y de funcionar de una manera relativamente autonoma. Un dominio a veces esta formado por motivos, pero otras veces no contiene ninguno.
La estructura terciaria de muchas proteinas esta formada por varios dominios.
Funciones delos Dominios:
A menudo un dominio realiza una funcion especifica y separada para la proteina:
- Enlaza a un pequenho ligando
- “Atravezar” la membrana plasmatica (proteinas transmembrana)
- Contiene el sitio catalitico (enzimas)
- Enlazar al DNA (en factores de transcripcion)
- Provee una superficie para enlazarse especificamente a otra proteina.
En algunos casos (notodos), cada dominio de una proteina es codificado por un exon separado en el gen que codifica a la proteina.
Un dominio proteico es la zona de la proteína donde se halla mayor densidad. Es decir, donde hay mas plegamientos. Una cadena polipéptidica puede tener uno o más dominos. Si una proteína está formada por más de una cadena polipeptidica, los dominios de cada cadena de polipéptidos son susdominios. Inclusive una proteina formada por más de una cadena polipéptidica puede tener un solo dominio, compartido por las cadenas de polipéptidos.
Un dominio proteico puede ser funcional si es una unidad modular de la proteína que lleva a cabo una función bioquímica determinada, y estructural si se refiere a un componente estable de la estructura.
uerzas de Van der Waals
En química:Las fuerzas de van der Waals, se conocen también como fuerzas de dispersión, a que se debe esta expresión, es que se encuentran presentes en las moléculas de muy baja polaridad, la podemos ver en los hidrocarburos. Las fuerzas de van der Waals se originan como resultado de diversos movimientos de electrones, cuando una porción de la molécula en cierto instante se torna ligeramente negativa, en tanto...
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