Expo Final de Dise o de primers para el gen E1 chikungunya

Diseño de primers para el
gen E1 del virus
Chikungunya para
diagnósticos de PCR-RT en
tiempo real
CURSO: BIOINFORMÁTICA
PROFESOR: ÓSCAR NOLASCO
ESTUDIANTE: OCHOA PORRAS MAYRA ROSANA

Objetivos
General:




Diseño de primers para la el gen de la glicoproteína E1 para
diagnóstico del virus Chikungunya.

Específicos:


Obtener las secuencias homologas.



Determinar el porcentaje deidentidad de la secuencia a analizar.



Determinar los dominios específicos para los primers que eviten
cruzamientos con otros virus similares.



Obtener una alta especificidad, eficiencia (% de GC de50-60 %) y
una baja estabilidad interna de los primers.

Metodología y plan de trabajo
1) Obtención de secuencias del banco de datos (GenBank)
Se obtuvo la secuencia de aminoácidos de la glicoproteínaE1 del banco de
datos del NCBI evaluando el porcentaje de identidad después de un blastp:



Y se obtuvo la siguiente secuencia:
RTAKAATYQEAAVYLWNEQQPLFWLQALIPLAALIVLCNCLRLLPCCCKTLAFLAVMSIGAHTVSAYEHVTVIPNTVGVPYKTLVNRPGYSPMVLEMELL
SVTLEPTLSLDYITCEYKTVIPSPYVKCCGTAECKDKNLPDYSCKVFTGVY
PFMWGGAYCFCDAENTQLSEAHVEKSESCKTEFASAYRAHTASASAKLR
VLYQGNNITVTAYANGDHAVTVKDAKFIVGPMSSAWTPFDNKIVVYKGDVYNMDYPPFGAGRPGQFGDIQSRTPESKDVYANTQLVLQRPAAGTVHVP
YSQAPSGFKYWLKERGASLQHTAPFGCQIATNPVRAMNCAVGNMPISID
IPDAAFTRVVDAPSLTDMSCEVPACTHSSDFGGVAIIKYAVSKKGKCAVHS
MTNAVTIREAEIEVEGNSQLQISFSTALASAEFRVQVCSTQVHCAAECHPPKDHIVNYPASHTTLGVQDISATAMSWVQKITGGVGLVVAVAALILIVVLC
VSFSR
A la cual se le dio un Delta- Blast para encontrar todos los virus
similares y posteriormente hacer un alineamiento.

NC_004162.2.

Sens
eHairpin

Dimer

False
primin
g

Cross
dimer

Tm

GC%

∆G

-

-7

-12

-7

66.3

54.2

-45.6

-7

-9.7

-

68

48

-46.7

Anti
-0.6
sense

Producto de
amplificación: 155 pb

Hairpin

Dimer

Falseprimin
g

Cross
dimer

Tm

GC%

∆G

-

-

-

-4.6

47.1

52.9

-31.3

Anti
sense

-

-

-

47.9

42.9

-33.3

Sens
e

Producto de
amplificación: 152 pb

Sens
e

Hairpin

Dimer

False
primin
g

Cross...