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En 1953 el General Gustavo Rojas Pinilla llegó al poder luego de un golpe de estado y buscó llevar a su fin la época de violencia. Por medio de las amnistías, cerca de 5000guerrilleros dejaron las armas.61 Durante las negociaciones varios de los grupos comunistas que seguían en armas se concentraron en Sumapaz donde, según su versión de los hechos, fueron atacadospor fuerzas militares que usaron helicópteros y Napalm provisto por el gobierno de los Estados Unidos.62
Estas guerrillas comunistas y varios liberales radicales de los cuales hacíaparte el fundador de las FARC Manuel Marulanda, alias "Tirofijo", se retiraron hacia el sur, en la región de Marquetalia, donde establecieron lo que llamaron una "zona liberada".63Luego crearon zonas similares en El Pato Caquetá, Riochiquito Cauca, Guayabero y el sudoeste de Tolima.64 Campesinos acosados por bandoleros y en algunos casos por el ejército colombianose establecen en las llamadas "zonas liberadas", por lo que surgió una administración civil además de la armada.65 Surgen discrepancias teóricas y algunos grupos tratan de estableceruna estrategia guerrillera ofensiva. Hecho por el cual fracasan el MOEC (Movimiento de Obreros, Estudiantes y Campesinos), el FUAR (Frente Unido de Acción Revolucionaria) y elMovimiento Vichada. El PCC asienta su estrategia basada en la autodefensa armada y el ejemplo de las "zonas liberadas".[cita requerida]
Entre 1956 y 1958 liberales y conservadores llegan a unacuerdo de reparto del poder con la intención de frenar la violencia bipartidista y se crea el Frente Nacional. El nuevo régimen, en el contexto de la Guerra Fría, considera que debeponer fin a cualquier influencia comunista y califica a las zonas liberadas de "repúblicas independientes", al estar fuera del control y jurisdicción de la administración nacional.