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Una de las causas del descubrimiento de América fue la difusión de la religión católicay desde la creación del virreinato peruano la sociedad se caracterizó por profesar el catolicismo y por poseer un profundo espíritu religioso.
En el siglo XVII, la Iglesia católica prosperó enormemente: en Lima, con 26.000 habitantes, contaba con diecinueve iglesias y monasterios y el diez por ciento de supoblación estaba constituido por sacerdotes, canónigos, frailes y monjas, que penetraron profundamente en la vida del pueblo, en cuyas familias era casi una actitud tradicional destinar a uno de los hijos a la vida religiosa y observar rigurosamente los rezos del Ángelus a mediodía y del rosario, además de asistir a las diversas actividades de culto.
Fundada Lima, se estableció un obispado en 1541que, en 1548, fue elevado a la categoría de arzobispado, durante el gobierno del pacificador Pedro de la Gasca. Este arzobispado tenía bajo su jurisdicción a todos los demás obispados que, por entonces, funcionaban en la América del Sur, y eran el obispado de Cuzco, Panamá, Papayán, Quito, Charcas y Paraguay. El primer arzobispo fue fray Jerónimo de Loayza hasta que, en 1581, fue nombrado comoarzobispo fray Toribio Alfonso de Mogrovejo, considerado el verdadero organizador del sistema eclesiástico en el virreinato, para cuyo efecto reunió en Lima dos concilios provinciales. De acuerdo a esto la iglesia peruana se organizó en arzobispados, obispados y curatos. Se contaba también con los curas doctrineros en las reducciones.
Las órdenes religiosas

Junto con los miembros del clero secularllegaron también los religiosos del clero regular organizados bajo la advocación de un santo y que tuvieron como tarea fundamental la propagación de la fe católica y el adoctrinamiento de los indígenas dispersos por todo el virreinato. Todos ellas fundaron conventos y monasterios y edificaron hermosas iglesias en Lima y otras ciudades del Perú.
Las órdenes religiosas que se establecieron en elPerú fueron la Orden de Predicadores o dominicos, la Orden de Frailes Menores o franciscanos, la Orden de la Merced o mercedarios, la Orden de San Agustín o agustinos y la Compañía de Jesús ojesuitas.
Dominicos
La Orden de Predicadores fue la primera en llegar al Perú con fray Vicente Valverde en1532 (destacada actuación en la captura del inca Atahualpa y primer obispo del Cuzco). Su primerconvento lo construyó sobre el templo inca del Coricancha, (Cuzco); fundó en Lima la Universidad de San Marcos (1551) e implementó inicialmente el tribunal de la Santa Inquisición. Destacó por su defensa de las poblaciones andinas, siguiendo la lucha del fraile dominico Bartolomé de las Casas, y por su gran labor de adoctrinamiento de las poblaciones indígenas (fray Domingo de Santo Tomás quien fue elprimer fraile en estudiar el quechua).
Franciscanos
La Orden de Frailes Menores llegó al Perú en 1533, dedicándose especialmente a las misiones, es decir, a la difusión del catolicismo en el virreinato. Llegó a instalar conventos en Arequipa, Huamanga, Trujillo, Chachapoyas y otras ciudades (construyeron el Convento de Ocopa, en Huancayo). Fue una de las órdenes que más trabajó con misiones alas inhóspitas regiones de la selva.
Mercedarios
La Orden de la Merced arribó al Perú en 1533 y su centro de operación fue la ciudad de Lima. Explotó bienes inmuebles incursionando en las haciendas y otro tipo de negocios (repartimientos, encomiendas). Logró controlar la Santa Inquisición desde mediados del siglo XVIII.
Agustinos
La Orden de San Agustín llegó en 1551 y se instaló en Lima como laProvincia Nuestra Señora de Gracia del Perú, y en varias partes del virreinato peruano, principalmente en la Sierra, extendiéndose incluso hasta el Alto Perú. Tomaron a su cargo el célebre santuario de Copacabana, a orillas del Lago Titicaca, a partir del cual predicaron con gran eficacia la doctrina católica a las poblaciones indígenas.
Jesuitas
La Compañía de Jesús vino al Perú en 1568,...