Lucia

Avogadro
Tutorial:
Avogadro es un programa para editar y formular estructuras moleculares, de forma rápida y sencilla,
su utilidad radica en la posibilidad de visualizar las estructuras moleculares en 3D, permitiendo el
cambio de perspectiva, haciéndola girar en cualquier sentido y dirección, adecuado para ver
estructuras de compuestos orgánicos y biológicos, con optimización de geometríamolecular y
lenguaje Smiles (lenguaje digital que con la fórmula desarrollada permite obtener la fórmula
estructural).
Menú de Herramientas:
1. Preferencia de
herramienta:

1

Permite visualizar las
distintas herramientas con
sus distintas
configuraciones y ajustes.

2

2. Preferencia de
pantalla:
Visualiza las distintas
opciones gráficas que
permiten representar las
estructurasmoleculares.

Herramienta de dibujo
(F8):

Representa el átomo
seleccionado con sus
respectivos enlaces.
Con el botón izquierdo del
ratón se pulsa y se
arrastra para construir
moléculas, con el botón
derecho se elimina el
átomo seleccionado.

1

2

Optimizar geometría:
Una vez creada la estructura molecular base, se puede optimizar su geometría, la misma se realizaseleccionando: Extensiones + Optimizar geometría (Ctrl+Alt+O), la molécula tomara la geometría
espacial más adecuada.

1

2

Herramienta de navegación
(F9):

Permite mover y rotar la molécula:
pulsando el botón izquierdo del
ratón y moviéndolo permite rotar la
molécula, también se puede
seleccionar un átomo de la misma
y usarlo como eje de rotación;
pulsando el botón derecho y
moviéndolopermite mover la
molécula en la pantalla, girando la
rueda del ratón amplía o reduce la
vista.

Herramienta de manipulación
del enlace central:

Esta herramienta permite visualizar
los ángulos de enlace entre los
átomos, pulsando el botón
izquierdo en el enlace o en un
átomo se visualiza los planos y los
ángulos, moviendo el ratón se
puede modificar los mismos,
pulsando el botónderecho del
ratón y moviéndolo se puede variar
la longitud de los enlaces.

Herramienta de manipulación (F10):

Permite la selección de un átomo en la
molécula, pulsando el botón izquierdo del
ratón y moviéndolo, aumentando o
disminuyendo su longitud, también
seleccionando toda la molécula pulsando
el botón izquierdo del ratón y moviéndolo
desplaza la molécula en relación a otrosobjetos, pulsando el botón derecho del
ratón y moviéndolo rota la molécula y
pulsando la rueda del ratón la aleja o
acerca la molécula sin afectar otros
objetos presentes en la representación.
Herramienta de selección (F11):

Esta herramienta nos permite la
selección de un átomo, un enlace un
fragmento o toda una molécula,
pulsando el botón izquierdo sobre el
elemento que se desea marcar,también
pulsando el botón izquierdo del ratón y
moviéndolo arma un cuadro de
marcación.

Herramienta de rotación automática:

Realiza la rotación automática en
cualquiera de los tres ejes, o en forma
simultanea, usando el modulador de cada
uno de ellos.

Herramienta de optimización
automática:

Pulsando el botón izquierdo del ratón y
seleccionando un átomo de la molécula,
se puedemodificar la geometría
molecular, la misma retorna a la
conformación espacial más estable
indicándonos los Kj/mol de cada
conformación espacial.
Herramienta de medición (F12):

Con la selección de esta herramienta se
pueden marcar átomos y medir la
distancia entre ellos y el ángulos de sus
enlaces, pulsando el botón izquierdo del
ratón y seleccionando los mismos, para
desmarcar se debepulsar el botón
derecho del ratón.

Herramienta para alinear
moléculas:

Permite alinear un átomo seleccionado a
un determinado eje, pulsando el botón
izquierdo del ratón y seleccionando dos
átomos; el primero se centra como
origen, el segundo se alinea al eje
seleccionado.

Lenguaje SMILES
“Un lenguaje químico simplificado”
La herramienta smiles: nos permite cargar moléculas, de...