Manual

INTRODUCCIÓN

El programa de FOX fue hecho para solucionar estructuras cristalinas a partir de patrones de difracción. Sus características más importantes en la determinación estructural son:

• Una descripción versátil del contenido cristalino: cualquier átomo aislado, descripción molécular usando cualquier longitud de enlace, ángulos enlazados y ángulos dihedrales, y poliedros paracompuestos inorgánicos. Puedes describir estructuras utilizando cualquier combinación de átomos, utilizando composición química o cristalográfica de la muestra para obtener posibles soluciones.
• Una corrección automática de las posiciones especiales y átomos compartidos entre polihedral, utilizando algoritmos de optimización global.
• Habilidad para utilizar simultáneamente patronesmúltiples de difracción, así como datos de cristales simples (extraído de un patrón de difracción).
• Algoritmos de optimización elegantes que pueden surgir de mínimos falsos.
• Una interfase gráfica con una estructura cristalina en 3D con actualización de datos durante el proceso de optimización.

Si tu:

• Tienes un compuesto desconocido pero con composición desconocida.
• Tienesun patrón de difracción, el cual se encuentra indexado (con la celda unitaria refinada), para lo cual se tiene idea del posible grupo espacial.
• Y quiero solucionar la estructura.

FOX te puede ayudar.

ESTRUCTURA CRISTALINA.

PRIMERO PUNTO tutoriales.

Nota acerca de los parámetros:

• Todos los parámetros que pueden ser optimizados en FOX tienen dos checkboxes entre el nombrey la carga donde puedes leer y entrar el valor del parámetro. La caja izquierda R puede accionar el estado refinable de un parámetro, y el derecho L permite el límite de ese parámetro.
• Para algunos parámetros (las posiciones atómicas en las moléculas), puedes no tener acceso a esos botones debido a que la funcionalidad para refinar la evolución de los parámetros se provee a altos niveles(en la molécula, las posiciones atómicas son limitadas relativamente para cada una a través de restricciones inteligentes, no con límites individuales).
• También, algunos parámetros que tienen checkboxes de R/L no se pueden optimizar por FOX, porque no tienen sentido de refinar algunos parámetros usan algoritmos globales de una optimización. Ver el FAQ para más detalles.

Pre-requisitospara realizar el ejemplo PbSO4:

• Parámetros de la celda unitaria refinados y grupo espacial.
• Alguna posible información acerca del contenido de la celda unitaria (estequiometría, posibles blocks construídos).
• Un juego de datos de difracción. Hay algunos ejemplos en el directorio Fox/examples/tutorial-pbso4.

Primer paso:

• En el menú principal, oprimir objetos y crearun nuevo objeto cristalino.
• Pulsa la tecla cristales para ver el cristal creado.
• Tu puedes ver la estructura en 3D, con la ayuda de la tecla display-3D.
• Con el botón izquierdo del Mouse, puedes oriental el cristal, con los signos + y – del teclado, puedes acercar y alejar la imagen.
• Con el cursor derecho, puedes entrar al menú del gráfico.
• Tu puedes nombrar tucristal en el apartado que dice cristal con letras rojas.
• Puedes cambiar el grupo espacial entrando en la tecla que dice grupo espacial (Pnma en este caso).
• De igual manera puedes modificar los parámetros de red, una vez que hayas determinado la estructura cristalina (grupo espacial) (8.482 5.398 6.959).
• Para añadir átomos a la estructura, primeramente debes crear los tipos deátomos, este paso se llama en el programa “scattering power”. Ve hacia el Scatters en el menú del cristal y has clic en “add Atomic Scattering power”. Estas agregando átomos uno por uno, puedes cambiar el nombre a cada átomo agregado así como su símbolo correspondiente. Hacer este paso para el Pb, S y O.
• Entonces agrega el átomo de Pb a la estructura utilizando el menú del cristal...