Metagenomas

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6 de mayo de 201 4 - Seminario de Introducción al uso de la
supercomputación aplicado a la Bioinformática
Seminario voluntario, gratuito y altamente recomendable para usuarios con pococonocimiento de Linux para
un mejor aprovechamiento de los cursos de Bioinformática de la FCSCL.
Objetivos
Proporcionar la formación necesaria para comprender y emplear el uso de herramientaspara extraer información útil
de datos producidos por técnicas biológicas de alta productividad, empleando para ello la supercomputación en la
secuenciación del genoma, tanto en la gestión como elanálisis de los datos biológicos.
Estos análisis serán empleados en estudios de alineamiento de secuencias, ensamblado y anotación genómica,
modelización de proteínas, predicción de estructura deproteínas, genómica comparada, descubrimiento de SNPs,
predicción de la expresión génica e interacciones proteína-proteína.
09:00 - 1 1 :00 Introducción acceso a Caléndula - Jesús Lorenzana Campillo.
GDescripción técnica de los recursos de la Fundación Centro de Supercomputación de Castilla y León.
- Infraestructuras de la FCSCL.
- Configuración del superordenador de la FCSCL, Caléndula.
GEstado actual de la Supercomputación.
G Acceso remoto a Caléndula.
- Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.
1 1 :00 - 1 1 :20 Pausa.
1 1 :20 - 1 4:00 Introducción alentorno Linux - Mariví López López / Cristina Esteban Blanco.
G Carpetas y ficheros.
G Permisos.
G Comandos básicos.
G Prácticas sobre Caléndula.
1 5:30 - 1 7:30 Introducción al entorno Linux(Continuación) - Mariví López López / Cristina Esteban Blanco.
7 de mayo de 201 4 - Procesado y ensamblaje de datos
metagenómicos
09:00 - 1 1 :45 Control de calidad y filtrado de secuencias -Giuseppe D´Auria.
G Datos brutos y formatos.
G División datos para computación en clúster.
G Filtrado/trimming.
1 1 :45 - 1 2:05 Pausa.
1 2:05 - 1 3:00 Control de calidad y filtrado de secuencias...