pirosecuenciacion

Agrupación de secuencias, misiones filogenético, y las especies de estimación de la riqueza
Secuenciación de calidad con adornos lee se derivaron de los archivos de salida de secuenciación GS20.Para secuencias unidireccionalmente ordenar todos obtenidas, las secuencias que contienen el cebador inverso se complementaron e invertidas. Para excluir las secuencias de baja calidad, las secuenciasque contienen menos de setenta bases con una puntuación de alta calidad (> 20) y secuencias que contienen bases ambiguas fueron retirados en el análisis el uso de scripts de JAVA. Los sitios de loscebadores fueron recortadas a partir de secuencias totales. A continuación, utiliza el ensamblador secuencia, ContigExpress, en el paquete VectorNTI (Invitrogen, EE.UU.) para calcular el número defilotipos con 1%, 3% y 5% de disimilitud. Para facilitar la asignación taxonómica / filogenético de cada secuencia, hemos construido una base de datos local que contiene 18S rRNA secuencias de genes deespecies de hongos publicadas que fueron descargados de GenBank y SILVA base de datos. Una tubería de la bioinformática se construyó para la asignación taxonómica automatizada de secuencias utilizandoMySQL y Java scripts bajo un sistema operativo Linux. Las secuencias procesadas se sometieron a una búsqueda basada en similitud utilizando el programa BLAST (Altschul et al., 1990) contra la base dedatos de 18S ADNr fúngico. Se seleccionaron las cinco secuencias con las puntuaciones más altas de alineamiento BLAST y se utilizan para alinear contra las secuencias de consulta utilizando un algoritmode alineamiento por pares (Myers y Miller, 1988). Se calcularon los valores de similitud de secuencia y la secuencia con la mayor similitud fue seleccionado para la asignación taxonómica jerárquicautilizando la información contenida en la base de datos 18S. También utilizamos el programa DOTUR para estimar la riqueza de especies (Schloss y Handelsman, 2005). Secuencias recortadas y ordenados...