Protocolo GenBank Y MEGA 6 1

 

 


 
 
 
 
 
 


 

Laboratorio
 de
 
 
Ecología
 Molecular
 


 


 

 


 

Universidad
 Autónoma
 de
 Nuevo
 León
 

Facultad
 de
 Ciencias
 Biológicas
 


 
Protocolo
 para
 búsqueda,
 comparación
 y
 análisis
 de
 
secuencias
 nucleotídicas.
 

 
Objetivo:
 
 

 
Aprender
  a
  buscar
  secuencias  almacenadas
  en
  GenBank
  para
  su
  posterior
 
análisis,
 utilizando
 el
 programa
 MEGA
 6.
 

 
Procediminto:
 

 
1. Desde
 un
 explorador
 (Firefox,
 Chrome,
 Etc.)
 acceder
 a
 la
 página
 de
 la
 base
 
de
  datos
  NCBI
  (National
  Center
  for
  Biotechnology
  Information)
 
www.ncbi.nlm.nih.gov/.
 

  
2. Ingresar
  el
  grupo
  que
  desea
  en
  el
  campo
  de
  “search”
  (e.
  g.
  “Pinus
 
cembroides”).
  Asimismo
  podemos
  incluir
  o
  excluir
  diferentes
  términos
 
para
  afinar
  nuestra
  búsqueda,
  por
  ejemplo,
  si
  queremos
  ver
  sólo
  un
  gen
 
específico,
 agregamos
 AND
  y
 el
 nombre del
 gen
 (e.
 g.
 “matK”)
 o
 filtrar
 la
 
búsqueda
 para
 no
 tener
 algún
 carácter,
 anteponemos
 la
 palabra
 NOT
 en
 
dicho
  caracter
  a
  filtrar
  (e.
  g.
  “subsp”
  para
  evitar
  secuencias
  de
  alguna
 
subespecie
 (subsp)
 de
 Pinus
  cembroides.
  ))
 en
 tal
 ejemplo,
 quedaría
 de
 la
 siguiente
 forma:
 

 


 


 

 


 
 
 
 
 
 


 

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Ecología
 Molecular
 


 


 


 

 


 

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 Biológicas
 


 
finalmente
  seleccionamos,
  a
  la
  izquierda
  de
  la
  barra,
  la
  opción
 
“Nucleotide”
 y presionamos
 “Search”
 a
 la
 derecha
 de
 la
 barra.
 


 


 
 

 


 


 

3. A
 continuación,
 la
 página
 nos
 arrojará
 una
 vista
 general
 de
 la
 información
 
que
 hemos
 solicitado.
 

 


 
4. Al
  lado
  izquierdo
  de
  cada
  organismo
  encontramos
  un
  cuadro
  en
  donde
  se
 
nos
  permite
 seleccionar
  dicha
  secuencia,
  seleccionaremos
  desde
  la
 
número
  dos
  (Pinus
  cembroides
  isolate
  PUE1
  maturase
  K
  (matK)
  gene,
 
pertial
  cds;
  chloroplast)
  hasta
  la
  número
  diez
  (Pinus
  cembroides
  isolate
 
SLP1
  maturase
  K
  (matK)
  gene,
  partial
  cds;
  chloroplast)
  de
  tal
  manera  que
 
tengamos
  nueve
  (9)
  secuencias
  seleccionadas.
  Posteriormente
 
presionamos
 el
 botón
 “Display
 Settings”
 de
 la
 parte
 superior
 izquierda.
 


 


 

 


 
 
 
 
 
 


 

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5. Ya
  en
  este
  menú,
  seleccionamos
  el
  formato
  (Format)
  FASTA
  y
 después
 
presionamos
 el
 botón
 “Apply”.
 

 


 


 

6. Esto
  delimitará
  la
  selección
  a
  solamente
  el
  formato
  FASTA
  de
  las
 
secuencias
 seleccionadas,
 ahora
 presionamos
 el
 botón
 “Send
 to”
 del
 lado
 
derecho
  de
  la
  pantalla
  y
  seleccionamos
  las
  opciones
  de
  “Complete
 ...