RESUMEN DE: Optimization of conditions for profiling bacterial populations in food by culture-independent methods






RESUMEN DE:


Optimization of conditions for profiling bacterial populations in food byculture-independent methods

Luca Cocolin, Ana Diez, Rosalinda Urso, Kalliopi Rantsiou, Giuseppe Comi, Ingrid Bergmaier, Claudia BeimfohrLos métodos microbiológicos  tradicionales (dependientes de cultivo) son técnicas que introducen sesgos relacionados con la capacidad que tienen los microorganismos de crecer en condicionesespecíficas de laboratorio. Por lo tanto; es fundamental contar con herramientas que permiten el seguimiento de las poblaciones microbianas sin necesidad del cultivo. Y esto se puedelograr por métodos como la electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE) y la hibridación fluorescente in situ (FISH).

Objetivo: Optimizar los métodos independientes de cultivo DGGE y FISH para obtener elperfil de las poblaciones bacterianas en muestras de carne y queso frescos y procesados; y así, entender cómo el procesamiento  en la industria alimentaria disminuye la biodiversidad bacteriana en elproducto alimenticio.

Para establecer las condiciones óptimas de PCR se trabajaron con nueve conjuntos de primers dirigidos al gen 16S rRNA y rpoB en cepas de referencia comúnmente encontradas enla matriz del alimento estudiado. Solo los primers que amplificaron todas las cepas de referencia se tomaron en cuenta en los siguientes pasos de la optimización del método. Las condiciones del DGGEfueron optimizados con el fin de hacer posible la separación de los amplicones obtenidos con los primers seleccionados. Sólo 4 parejas de primers se les pudo determinar condiciones óptimas para laseparación de amplicones. Al analizar los perfiles y la diversidad de los componentes microbianos obtenidos en el DGGE; el primer P1V1GC/P2V1 fue seleccionado para ser utilizado en las muestras...