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Existe aún cierta controversia sobre el método de división de los organismos en reinos. En algunos sistemas, por ejemplo, se clasifican los organismos en cuatro reinos; incluyéndose a los hongos y las algas con las plantas y a los protozoos con los animales. No obstante, el sistema más usado en la actualidad consta de cinco reinos: Mónera, Protoctista, Fungí, Animalia y Plantae.
El trabajo nose incluye al Reino Animalia porque no es objeto de estudio de la botánica.
Este grupo está compuesto por bacterias, micro plasmas y todos los organismos procariotas unicelulares, como las algas verde, azules, amarillas y rojas.
El reino protista grupo que está compuesto por todos los organismos eucariotas unicelulares, como la mayoría de las algas y los protozoos, y sus descendientes másinmediatos, como las algas pluricelulares
Algunas se parecen a animales en que ingieren partículas de alimento, otras se parecen a plantas superiores pues tienen órganos semejantes a tallos, hojas y raíces algunos organismos a pigmentados (no fotosintéticos, saprófitos o parásitos) deben considerarse algas constituyen una vasta reunión heterogénea de organismos muy distintos que no tienen más que unospocos caracteres en común.
Aunque algunas veces se clasifican como plantas, los hongos no realizan la fotosíntesis y son con frecuencia parásitos. Su pared celular puede estar compuesta de celulosa, pero en algunas ocasiones está constituida por quitina, una sustancia que se encuentra en el exoesqueleto de ciertos insectos y artrópodos. Este reino incluye a los hongos y a los mohos.
El factorde más trascendencia para el desarrollo de la botánica en la Nueva España en el siglo xviii fue la realización de expediciones científicas europeas, con la participación de colectores de plantas y botánicos profesionales. Una de estas fue la expedición de Guillermo Houston, quien publicó un catálogo de las plantas que colectó en Veracruz, incluyendo algunos grabados.
También es importante laexpedición de Antonio de Ulloa a la Nueva España en 1776. Este científico y comandante de la última flota de Indias escribió Descripción de la Nueva España que no fue publicada, es una obra que presenta datos sobre botánica económica. Otro tanto se puede decir sobre la expedición de Alejandro Malaspina que llegó a México en 1791 y en la que participaron naturalistas destacados como Antonio Pineda,Luis Née y Tadeo Haenke.

Las colecciones y grabados de esta expedición se encuentran en España. Se puede consultar el libro de Virginia González Claverán, La expedición de Malaspina 1789-1794; y el de Miguel Ángel Puig-Samper, La armonía natural. La naturaleza de la expedición marítima de Malaspina y Bustamante 1789-1794.
Vicente Cervantes logró reunir un importante herbario e implantó laprimera cátedra de botánica en México desde 1788; permaneció en el país hasta su muerte en 1829. Juan Diego del Castillo fue botánico farmacéutico, José Longinos Martínez organizó un gabinete de historia natural, que sirvió de base para que se fundara posteriormente el Museo de Historia Natural. Los miembros de esta importante expedición fueron auxiliados por dos extraordinarios dibujantes: el españolJuan Cerda y el mexicano Atanasio Echeverria. En honor a este último, el gran botánico suizo Agustín Pyramus de Candolle describió un género nuevo de crasuláceas al que denominó Echeveria, cuyas especies reciben, entre otros nombres vulgares el de conchitas.
Los botánicos de esta expedición exploraron tanto la parte central de la Nueva España, como hizo De Sessé , así como las partes lejanas delvirreinato, hacia el norte hasta Chihuahua y Baja California y hacia el sur hasta Yucatán y Guatemala, como hicieran Mariano Mociño, José Longinos y Diego Del Castillo. La consecuencia de este infatigable trabajo de los botánicos que participaron en esta expedición fue el desarrollo de la botánica en México desde fines del siglo xviii y durante el siglo xix, aunque hubo una pausa por el...