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Estudió arte en la Escuela de Artes y Oficios de Berlín-Charlottensburg y se doctoró en filosofía e historia del arte en laUniversidad de Berlín. Vivió en Tetuán, Marruecos en 1941 yen Granada en 1945. En 1948 se mudó a Santillana del Mar donde fundó la Escuela de Altamira cuyo lema fue "Todos los hombres, por fin hermanos, se convierten en artistas" . Por recomendación de Alejandro RangelHidalgo, el arquitecto Ignacio Díaz Morales lo invitó como maestro a la recién fundada Escuela de Arquitectura de la Universidad de Guadalajara, ya que el rector general de dicha Universidad Jorge MatuteRemus quiso incorporar a profesionistas europeos, por lo que se trasladó a la ciudad de Guadalajara, Jalisco, México en 1949. Años más tarde se mudaría a la Ciudad de México, en 1952.
Entre sus obrasdestaca el Museo El Eco. Este museo albergaba obras importantes como La serpiente, una escultura de Goeritz que actualmente se encuentra en el Museo de Arte Moderno de la Ciudad de México. El Eco es unade las obras más significativas del artista y obra crucial en la historia del arte moderno mexicano. El edificio fue inaugurado en 1953 a petición del empresario mexicano Daniel Mont y es considerauna de las piedras angulares del arte moderno en México. Al año siguiente de la apertura de El Eco se publicó el Manifiesto de Arquitectura Emocional. En el 2005, el edificio de El Eco fue restaurado yhoy funciona nuevamente como museo.
En 1957, en colaboración con el arquitecto Luis Barragán y el pintor Jesús Reyes Ferreira, luego de un viaje con Justino Fernández a San Gimignano, Italia,realizó las Torres de Satélite, inauguradas en marzo de 1958 como emblema de la nuevaCiudad Satélite; paralelo a esta obra realiza las Torres de Temixco en el Estado de Morelos y los vitrales de la Iglesiade San Lorenzo en la Ciudad de México
En 1959 después de la muerte de su esposa Marianne Gast, Mathias Goeritz comienza la serie de obras bidimensionales conocidas como Mensajes dorados, obra...