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En Chile insular, la fauna y flora son únicas en el mundo. Mientras que en la isla de Pascua el característico árbol del toromiro es una especie extintaen estado silvestre,214 en el archipiélago de Juan Fernández existen más de 200 especies vegetales únicas —como la palmera chonta— y algunas especiesanimales endémicas —como el lobo marino de dos pelos y el picaflor de Juan Fernández, declarado monumento natural en 2006—.208
El Territorio Chileno Antárticose encuentra en su mayor parte cubierto de hielos permanentes, por lo que su diversidad vegetal se reduce a algunas especies de líquenes y musgos; sinembargo, la fauna alcanza en las costas una riqueza y valor excepcionales.215
A lo largo de toda la costa chilena, habitan el lobo de mar y una variedad deaves —albatros, cormoranes, gaviotas y pelícanos—. Existen algunas especies de pingüinos, como el de Humboldt y el de Magallanes, y un importante número decetáceos, como delfines en Coquimbo y ballenas en Magallanes, declarados monumentos naturales en 2008,216 convirtiendo la zona económica exclusiva o «marpatrimonial» en una «zona Libre de Caza de Cetáceos» desde entonces.217 218 En el océano, existen diversas especies de mariscos —almeja, choro, loco, ostión yostra, entre otros— y peces —anchoveta, cojinoba, congrio, jurel chileno, lenguado y merluza— que convierten a Chile en uno de los países con mayorvariedad de fauna marina del mundo. Introducidos en el país, la carpa,219 el salmón y la trucha son las principales especies de peces en los ríos chilenos.