Estudiante
Páginas: 6 (1315 palabras)
Publicado: 8 de noviembre de 2012
ESCUELA POLITÉCNICA DEL EJÉRCITO
FACULTAD DE CIENCIAS APLICADAS
INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA
N
MATERIA: BIOLOGIA MOLECULAR III
PROGRAMAS BIO INFORMATICOS Y ENZIMAS DE RESTRICCION:
Técnicas de alto rendimiento desarrolladas en las últimas décadas han permitido la adquisición masiva de información de biología molecular que se depositan en bases de datos de crecimiento exponencial, labioinformática se ocupa de su gestión, análisis e interpretación de los datos experimentales.
NEBcutter:
Es un programa o herramienta de trabajo donde podemos ingresar secuencias de ADN como resultado nos va a dar el número de enzimas de restricción que corta esa secuencia.
Analisis:
En el grafico podemos ver:
| Enzimas que se cortan 2 o mas veces | Corte recto o romo (Blue Ends) | Stickyends | |
| X | BsTZ17I, SspI,HincII,BsaBI, DraI, PshAI,PvuII | BpuIoI, BsmAI, BbvI, NdeI, SfeI, BsrfI, ClaI, SalI,Tsp451 SfaNI, Sau961, bIpI. | |
Segunda Secuencia:
GenBank
Es un mega banco donde se encuentran la base de datos de secuencias genéticas de NIH, guarda una colección de todas las secuencias de ADN y están a disposición del publico, aproximadamente es 106 533 156 756 108 431 692registros
Candidatus Phytoplasma vitis GSS, clone FDSH05, genomic survey sequence
Son bacterias o parasites del floema de las plantas y transmitidas por insectos.
GenBank: AM889026.1
GenBank FASTA
IDENTIFIERS
dbGSS Id: 21649969
GSS name: AM889026
GenBank Acc: AM889026
GenBank gi:164512732
CLONE INFO
Clone Id: FDSH05
DNA type: Genomic
PRIMERS
SEQUENCE
AACACGTTTAGAAGGTTGGAAAACTGTTAGTAAAGCTAAGAGTTATCCAGCAAATGTTTT
TGAAGGCATTATAAAAGGTGCCAAAAATCAAGATTATAAAGAAGCAGAAAACCCTTTAGATTTAGCAGAAAATGTAGGTAAAAGTGTAATAGGCGCCGCTGAAGGAACTTTTAAAGCCAC
TGTTGATACAGCTAAAGATATTGGTTATGGAGCTTGCGATACTTTCATCAAATTAGTAAA
ATTTTGGTAATCGAATAGAAAAAAGTAAAAAATGAAAAAAATAAAATTATTTAAATTAAT
ATGTTTTTTTACACTTATATTGTTAGATAATATTTTTATTACTACTTTATCAGAAAAAGATCCAGAACCATTTGTATTTGTAAATAATAATATTCTAAATTTTATTTTACAAGTTATTTT
TTATGGTAGTTCTTTCTTTTTTATTATGGGCATACTGTC
Entry Created: Jan 9 2008
Last Updated: May 24 2010
COMMENTS
Eag,I,EagI restriction fragment
NEBcutter V2.09
ANALISIS:
| Enzimas que se cortan 2 o mas veces | Corte recto oromo (Blue Ends) | Sticky ends | |
| X | MspA1I, cac8I, SwaI, DpnI | Af1III, HpyCH4IV, DdeI, KasI, AseI, BstrI. | |
Resultados de los analisis, Comparacion de los resultados
1. En las dos secuencias hay enzimas que se parecen es el caso de HaeII, HaeIII, Tsp45I, TspRI.
2. La primera secuencia va de pares de bases, mientras que la segunda secuencia va de
pares de bases, comoconclusión podemos decir que la primera secuencia tiene mas enzimas de restricción y mas fragmentos.
3. En la primera secuencia vemos que hay enzimas marcadas con celeste, esto quiere decir, que esta enzima tiene otro proveedor.
4. Tanto en la primera y segunda secuencia ninguna enzima de restricción corta dos veces.
Aplicación de estos resultados:
Mediante enzimas de restricción , sepuede Aplicar técnicas moleculares como RFLP’s, RLFP PCR,.
También podemos ver el patrón que aparece en los geles depende del porcentaje de agarosa que determines previamente (círculo rojo).
Enzima de restriccion: HincII
REBASE:
Dos empresas Biotecnológicas donde ofrecen enzimas de restricción, en este caso la HincII.
Enzimas de restricción similares a la HincII
La enzima HincII...
FACULTAD DE CIENCIAS APLICADAS
INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA
N
MATERIA: BIOLOGIA MOLECULAR III
PROGRAMAS BIO INFORMATICOS Y ENZIMAS DE RESTRICCION:
Técnicas de alto rendimiento desarrolladas en las últimas décadas han permitido la adquisición masiva de información de biología molecular que se depositan en bases de datos de crecimiento exponencial, labioinformática se ocupa de su gestión, análisis e interpretación de los datos experimentales.
NEBcutter:
Es un programa o herramienta de trabajo donde podemos ingresar secuencias de ADN como resultado nos va a dar el número de enzimas de restricción que corta esa secuencia.
Analisis:
En el grafico podemos ver:
| Enzimas que se cortan 2 o mas veces | Corte recto o romo (Blue Ends) | Stickyends | |
| X | BsTZ17I, SspI,HincII,BsaBI, DraI, PshAI,PvuII | BpuIoI, BsmAI, BbvI, NdeI, SfeI, BsrfI, ClaI, SalI,Tsp451 SfaNI, Sau961, bIpI. | |
Segunda Secuencia:
GenBank
Es un mega banco donde se encuentran la base de datos de secuencias genéticas de NIH, guarda una colección de todas las secuencias de ADN y están a disposición del publico, aproximadamente es 106 533 156 756 108 431 692registros
Candidatus Phytoplasma vitis GSS, clone FDSH05, genomic survey sequence
Son bacterias o parasites del floema de las plantas y transmitidas por insectos.
GenBank: AM889026.1
GenBank FASTA
IDENTIFIERS
dbGSS Id: 21649969
GSS name: AM889026
GenBank Acc: AM889026
GenBank gi:164512732
CLONE INFO
Clone Id: FDSH05
DNA type: Genomic
PRIMERS
SEQUENCE
AACACGTTTAGAAGGTTGGAAAACTGTTAGTAAAGCTAAGAGTTATCCAGCAAATGTTTT
TGAAGGCATTATAAAAGGTGCCAAAAATCAAGATTATAAAGAAGCAGAAAACCCTTTAGATTTAGCAGAAAATGTAGGTAAAAGTGTAATAGGCGCCGCTGAAGGAACTTTTAAAGCCAC
TGTTGATACAGCTAAAGATATTGGTTATGGAGCTTGCGATACTTTCATCAAATTAGTAAA
ATTTTGGTAATCGAATAGAAAAAAGTAAAAAATGAAAAAAATAAAATTATTTAAATTAAT
ATGTTTTTTTACACTTATATTGTTAGATAATATTTTTATTACTACTTTATCAGAAAAAGATCCAGAACCATTTGTATTTGTAAATAATAATATTCTAAATTTTATTTTACAAGTTATTTT
TTATGGTAGTTCTTTCTTTTTTATTATGGGCATACTGTC
Entry Created: Jan 9 2008
Last Updated: May 24 2010
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Eag,I,EagI restriction fragment
NEBcutter V2.09
ANALISIS:
| Enzimas que se cortan 2 o mas veces | Corte recto oromo (Blue Ends) | Sticky ends | |
| X | MspA1I, cac8I, SwaI, DpnI | Af1III, HpyCH4IV, DdeI, KasI, AseI, BstrI. | |
Resultados de los analisis, Comparacion de los resultados
1. En las dos secuencias hay enzimas que se parecen es el caso de HaeII, HaeIII, Tsp45I, TspRI.
2. La primera secuencia va de pares de bases, mientras que la segunda secuencia va de
pares de bases, comoconclusión podemos decir que la primera secuencia tiene mas enzimas de restricción y mas fragmentos.
3. En la primera secuencia vemos que hay enzimas marcadas con celeste, esto quiere decir, que esta enzima tiene otro proveedor.
4. Tanto en la primera y segunda secuencia ninguna enzima de restricción corta dos veces.
Aplicación de estos resultados:
Mediante enzimas de restricción , sepuede Aplicar técnicas moleculares como RFLP’s, RLFP PCR,.
También podemos ver el patrón que aparece en los geles depende del porcentaje de agarosa que determines previamente (círculo rojo).
Enzima de restriccion: HincII
REBASE:
Dos empresas Biotecnológicas donde ofrecen enzimas de restricción, en este caso la HincII.
Enzimas de restricción similares a la HincII
La enzima HincII...
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