Traducción - Etapas

Aplicación de bloqueado de ácido nucleico (LNA) oligonucleótidos – PCR sujeción técnica selectivamente PCR amplifican SSU rRNA Genes de bacterias en la investigación de la comunidad asociada a la planta estructuras
M Akoto Me kenaga1*, y M Asao s akaI1
1Facultad de de agricultura, Kagoshima Universidad, 21/01/24, Korimoto, Kagoshima 890-0065, Japón
(Recibido el 21 de abril de 2014 — aceptado 31de mayo de 2014 — publicado en línea el 17 de julio, 2014)
 
La extracción simultánea de genes de planta organelas (mitocondrias y plastid) durante la etapa de extracción de ADN es una limitación importante en investigación la comunidad estructuras de bacterias asociados con plantas porqueorgánulo SSU rRNA genes son fácilmente amplificadas por PCR utilizando conjuntos de cartilla que sonespecíficas de las bacterias. Para inhibir la amplificación de los genes del orgánulo, se aplicó la técnica de sujeción de oligonucleótidos – PCR de ácido nucleico bloqueado (LNA) para amplificar selectivamente genes SSU rRNA bacteriano por PCR. Oligonucleótidos LNA, las secuencias que eran complementarias a las mitocondrias y plastid genes, fueron bases diseñadas por superposición de unas bases con laposición de recocido de la cartilla bacteriana y conversión de bases de ADN en LNA específico a mitocondrias y plástidos en la cambiado de puesto región de el 3' final de el primer enlace posición. PCR conoligonucleótidos LNA amplificaron selectivamente los genes bacterianos mientras que la inhibición de genes de organelas. Análisis de electroforesis (DGGE) del gel del gradiente de desnaturalizaciónreveló que amplificación convencional sin oligonucleótidos LNA predominante gen-neumáticas DGGE bandas de las mitocondrias y plastid genes con pocos bacteriana bandas. En contraste, adicionales bacteriana bandas fueron detectados en los patrones de DGGE, los amplicones de la cual se prepararon utilizando oligonucleótidos LNA. Estos resultados indicaron que la detección de los genes bacterianoshabía sido defendida por la excesiva amplificación de los genes de las organelas. La secuencia de la bandas recién detectados mediante el uso de oligonucleótidos LNA revelaron que su semejanza con las bacterias aisladas conocidas era baja, lo que sugiere el potencial para detectar bacterias novela. Así, la aplicación de la técnica de sujeción de oligonucleótidos – PCR de LNA era considerado eficaz parala amplificación selectiva de genes bacterianos de extraído orgánulo de planta que contiene ADN genes.
Palabras clave: planta de organelas, las bacterias, estructura de la comunidad, gene del rRNA SSU, ácido nucleico bloqueado (LNA) oligonucleótidos – PCR de fijación
 
 


Las plantas representan hábitats ecológicos complejos, así como la diversidad espacial y temporal a las bacterias. Lasbacterias que se asocian con las plantas pueden tener efectos beneficiosos, neutros o perjudiciales en el crecimiento de las plantas (23). Las bacterias beneficiosas han demostrado para promover el crecimiento vegetal o proteger a las plantas de enfermedades (29), mientras que las bacterias perjudiciales inhiben el crecimiento (32). Es importante controlar la óptima Constitución de bacterias plantaspara mantener la salud de las plantas. Por lo tanto, se hicieron muchos esfuerzos en las estructuras comunitarias de características terize.
El uso de la tradicional cultura dependiente técnicas gener-aliado resultados en las evaluaciones de diversidad entre 0,001% y el 15% de la población bacteriana total (1). Desde esto phenom-enon también es aplicable a bacterias asociadas aplantas (7), la mayoríade la población de asociados de planta microbiana commu-nity todavía sigue siendo confuso. En contraste, independiente de la cultura las técnicas moleculares son herramientas útiles para estudiando comunidades bacterianas en ecosistemas porque proporcionar información sobre las diferencias entre dominante comunidad estructuras, como no cultivadas y todavía sin explotar bacterias. Este enfoque...