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La historia del juego transcurre, aproximadamente, 20 años después de Half-Life. Gordon Freeman aceptó trabajar para G-Man tras derrotar a Nihilanth, por lo tanto fue puesto en un estado dehibernación, donde ha quedado congelado en el tiempo. Se creía que la destrucción de Nihilanth acabaría con la Tormenta de Portales, pero no fue así. Su muerte creo una nueva e inestable tormenta de portalesque se extendió por todo el mundo, transportando a gran parte de las criaturas de Xen a la Tierra. Los Xenianos habían sido anteriormente conquistados por otra raza alienígena llamada El ImperioCombine.
El Imperio Combine o La Alianza, según su doblaje al español, es una fuerza interdimensional, formada por razas modificadas de todos los mundos que conquistan, es decir, una multi-raza o razahíbrida, que ha conquistado infinidad de mundos y universos. Al conquistar un planeta los Combine transforman y reprograman a algunos nativos (preferentemente la especie dominante y la que más inteligenciaposee), dejando un ejército (que en el caso de Xen serían los Vortigaunt donde algunos de ellos son experimentados para convertirlos en Alien Grunt) y un administrador que dirija la conquista y seencargue de eliminar todo tipo de resistencia (que en Xen correspondería a Nihilant), para luego marcharse a conquistar otros mundos. La fuerza agresora oprime a los seres que todavía no se hanconvertido, para que pasen a ser parte del ejército. Una vez que todos han sido convertidos y la resistencia eliminada, los seres originales Combine ocupan el planeta.
Nihilant controlaba mentalmente a losVortigaunts (que en realidad son criaturas racionales y pensantes, a diferencia de los Headcrabs, Bullsquid, etc, que son salvajes) mediante los brazaletes que observamos que ellos poseen en la primeraentrega del juego. Con la muerte del administrador Combine en manos de Gordon Freeman, los Vortigaunts quedan liberados de sus cadenas y son teletransportados junto con los demás Xenianos a la...