Analisis bioinformatico de la enzima peptidasa

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ANALISIS BIOINFORMATICOS DE LA ENZIMA PEPTIDASA

Maldonado Mármol Marelvis Silveria
Departamento de microbiología, Facultad de ciencias básicas, Universidad de Pamplona.
2011

PEPTIDASASDenominación correcta, según El Comité de Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (NC-IUBMB, 1984), lo que es sinónimo de Proteasa o Proteinasa. Son enzimas quehidrolizan los enlaces peptídicos de las proteínas. La extensión a la cual la peptidasa actúa sobre la proteína, está referida a lo que se denomina “grado de hidrólisis” (% DH), o simplemente elporcentaje de enlaces peptídicos hidrolizados.

La Peptidasa comprende a dos grupos de enzimas: las endopeptidasas (proteinasas) y las exopeptidasas. Las endopeptidasas, a su vez, se clasifican de acuerdo asu mecanismo catalítico: las serina proteinasas, las cisteina proteinazas, las aspártico proteinazas y las métalo proteinasas y son utilizadas para degradar detergentes de lavandería, fabricarquesos, ablandar cueros, modificar los ingredientes de alimentos y elaborar saborizantes.

CLASIFICACION DE LAS PEPTIDASAS

Según el sitio de corte: Endopeptidasas y exopeptidasas.
Según el sitiocatalítico: Peptidasas de Ser, peptidasas de Asp, metalo peptidasas, peptidasas de Cys y peptidasas de Thr.

ALINEAMIENTO DE LAS SECUENCIAS NUCLEÓTIDICAS

A partir de las secuencias encontradas dela enzima peptidasa en el link www.genbank se copiaron en un bloc de notas, del cual se procedió a realizar el alineamiento de estas, utilizando la herramienta bioinformática clustalx2, obteniéndoseel siguiente alineamiento. Esto es de gran utilidad, debido a que estos nos permiten observar regiones conservadas y poder realizar análisis más profundos sobre dominios y motivos (en el caso deproteínas) en donde se pueden relacionar los alineamientos con las regiones de importancia para una proteína.

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ÁRBOL FILOGENÉTICO

De las secuencias alineadas obtenidas por la herramienta...
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