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Por el contrario, los artistas indígenas y mestizos son cada vez más numerosos. Es entonces que la pintura salvo en Potosí en donde Holguín imprime la marca de un arte diferente - comienza a asumir su propia identidad y a alejarse de los modelos europeos. Cuzco y el Collao son los centros de esta nueva tendencia. Las pinturas más apreciadas son aquellas que carecen de perspectiva, con escenasvariadas y anecdóticas y personajes de be1leza convencional. El oro, utilizado profusamente en los primeros años, pero luego desaparecido con el manierismo, vuelve a escena y los cuadros revestidos de él son altamente valorados. Berrío utiliza el oro en Potosí, Cuzco y el Collao. El gusto indígena se impone y un gran número de pinturas presentan estas características.  
El siglo XVIII está marcadopor un interés creciente hacia la historia incaica. Numerosas piezas de teatro recuerdan la fundación del imperio incaico, la muerte de Atahuallpa, la lucha heroica de Huayna Kapac, etc. Las obras no están destinadas únicamente a los conventos y a las iglesias: los arrieros, que en ese entonces hacían de mercaderes, compraban en ocasiones hasta 200 obras al mes para venderlas a los indígenas de lastierras altas. La pintura se hace popular y los centros indígenas del Collao y de Cuzco monopolizan la producción, especialmente en esta última ciudad, en donde los pintores realizan un trabajo masivo. El proceso de mestizaje es largo: comienza hacia 1680, durante el periodo barroco, creando formas diferentes a las que se acostumbra en Europa, y termina alrededor de 1780, cuando el estiloneoclásico llega a América. En los pueblos indígenas se sigue pintando bajo este estilo hasta fines del siglo XIX.  
Los primeros pintores del Collao son Leonardo Flores y el Maestro de Calamarca. El primero trabaja alrededor de 1684 en los pueblos que se encuentran a orillas del Lago Titicaca, como Yunguyo, Puerto Acosta e Italaque. Debe su estilo a los grabados flamencos. Pinta escenas anecdóticas, susreyes llevan trajes lujosos y joyas, las vestimentas flotan cual si fueran nubes. Estas características son exageradas por los pintores del Collao que suceden a Flores, como su discípulo Juan Ramos. Si bien ciertas obras de Flores son realmente barrocas. Flores trabajó para el Obispo de La Paz, Queipo del Llano. Sus cartas al obispo revelan un personaje seguro de si mismo y muy orgulloso de sutrabajo. Esta era en general la idea que los pintores tenían entonces de si mismos. Muchos de ellos al firmar sus obras, precisaban donde y cuando habían sido éstas realizadas, consignando igualmente su condición social.  
Después de Flores, la pintura del Collao se hace grandilocuente y se dirige a las masas. La Asunción de la Virgen es un tema recurrente y  un carro triunfal es jalado porserpientes y sirenas. Esta última, símbolo del pecado. es uno de los motivos acostumbrados del arte barroco, especialmente en arquitectura.  
 Otro tema favorito es el de Las Postrimerías. Las más celebres pinturas sobre este tema se encuentran en la iglesia de Carabuco, firmadas por Juan López de Los Ríos. Algunas representan al demonio tentando a mujeres indígenas mientras escuchan un sermón.  
Entodas estas obras volvemos a encontrar la influencia flamenca. El infierno, en particular, nos recuerda al Bosco. La serie más famosa después de la de Carabuco se encuentra en Caquiaviri, fechada en 1739. En Carabuco es donde aparecen los primeros ángeles vestidos a la usanza del siglo XVII. Estos ángeles serán más tarde el tema favorito de los cultores de las tierras altas. En Bolivia existenvarios  series de ángeles, siendo la más famosa la que se encuentra en la iglesia de Calamarca. Está compuesta de 36 cuadros que podemos agrupar en tres series: los arcabuceros, los que están vestidos de Romanos y los serafines, con vestimenta de mujer. Esta iconografía proviene, por una parte, de Dionisio el Areopagita y por otra, de los tratados militares del siglo XVII.  
La serie de Calamarca...