Bioinformatica

ESCUELA POLITECNICA DEL EJÉRCITO
DEPARTAMENTO CIENCIAS DE LA VIDA
CARRERA INGENIERIA EN BIOTECNOLOGIA
Biología Molecular III

Fecha: 27-05-2010

Tema: Bioinformatica

Introducción.-
* Bioinformatica:
La secuenciación del genoma humano ha generado un amplio catálogo de los aproximadamente 31.000 genes humanos; mapas de alta resolución de los cromosomas, incluyendo cientos de miles depuntos significativos; y miles de millones de informaciones sobre secuencias de pares de bases. Para ayudar a los investigadores a determinar el sentido de este aluvión de datos han hecho falta muchos instrumentos informáticos, como sistemas de información y gestión de laboratorios, robots, sistemas de gestión de bases de datos e interfaces gráficas de usuario.
Se ha desarrollado un nuevo campode investigación llamado bioinformática para satisfacer las exigencias planteadas por el programa. Los investigadores de bioinformática han creado bases de datos públicas conectadas a Internet para poner los datos del genoma a disposición de los científicos de todo el mundo. La información de secuenciación del ADN se encuentra en varias bases de datos, entre ellas GenBank del NIH, Base de Datos deSecuencias de Nucleótidos del Laboratorio Europeo de Biología Molecular y DNA Databank de Japón entre otros muchos.
* Viscum álbum (European mistletoe)
En Europa y Estados Unidos crecen varias plantas perennes conocidas como muérdagos. Infestan pinos, abetos, manzanos y enebros. Algunas especies carecen de hojas y se alimentan exclusivamente de la planta.

* Proteína: P01538|THN3_VISALNombre recomendado: Viscotoxin A3, unido de 2 cadenas Viscotoxin A3 y Proteína acida
Tiene una secuencia que consta de 111 aminoácidos, en donde se pueden encontrar mucha información como por ejemplo, secuencias conflictivas que se encuentran en los aminoácidos 69-71.

Metodología.-
1. Lo primero que se hizo fue ingresar en la página de deCODE y seguir las instrucciones, se quedo comoacuerdo ingresar el nombre completo para tener una homogeneidad, después de realizarlo se obtuvo nuestro nombre en código de ADN, el nombre de la proteína el organismo donde es encontrado y la secuencia de aminoácidos para formar la proteína.

Posteriormente esta información se utilizo para realizar toda la investigación en los diferentes tipos de bases de datos.
2. Con la información obtenidaingresamos a diferentes bases de datos en este caso nos enfocaremos específicamente en 2, BLAST y UniProt.

BLAST

Se ingreso la secuencia FASTA e ingresamos en diferentes ítems en el programa para obtener información sobre la proteína.

UniProt

De igual manera se ingreso el nombre de la proteína y se empezó a buscar información en esta base de datos.

Artículos
Se busco información enartículos científicos sobre estudios en la proteína designada, con lo cual se logro conocer algunos aspectos sobre la proteína y el organismo donde se encuentra.

1. Comparative membrane interaction study of viscotoxins A3, A2 and B from mistletoe (Viscum album) and connections with their structures

Viscotoxins A2 (VA2) and B (VB) are, together with viscotoxin A3 (VA3), among the mostabundant viscotoxin isoforms that occur in mistletoe-derived medicines used in anti-cancer therapy. Although these isoforms have a high degree of amino-acidsequence similarity, they are strikingly different from each other in their in vitro cytotoxic potency towards tumour cells. First, asVA3 is the only viscotoxin whose three-dimensional (3D) structure has been solved to date, we report the NMRdetermination of the 3D structures of VA2 and VB. Secondly, to account for the in vitro cytotoxicity discrepancy, we carried out a comparative study of the interaction of the three viscotoxins with model membranes.
Although the overall 3D structure is highly conserved among the three isoforms, some discrete structural features and associated surface properties readily account for the different...