Clasificación

Los protistas son un taxón parafilético con respecto a otros reinos, debido a que comprenden a todos los descendientes del eucariota ancestral, que comparten el plan corporal básico del eucariota, entre ellos y con el eucariota ancestral, y no poseen las innovaciones que dieron origen a los reinos de plantas, animales y hongos, por lo tanto se encuentran entre ellos miembros que aumentaron sunivel de complejidad hacia la multicelularidad pero sin pertenecer a ninguno de esos tres linajes, como les ocurrió a lasalgas pardas (véase también: Clasificación de los organismos en categorías altas (reinos, dominios, imperios)).
Las últimas décadas vieron múltiples publicaciones de filogenias de los eucariotas basadas en caracteres tomado, bien al ser linajes tan antiguos, el ADN se fuemodificando mucho, y mucha de la información que hubiera servido para hacer inferencias de relaciones filogenéticas se ha perdido. Aún así, si bien por los métodos utilizados basados en ADN hasta hoy en día no se pudo obtener más resolución que la hasta hoy acordada (2013), se han encontrado 6 linajes de eucariotas a los que se puso la "nueva" categoría de supergrupos: Excavata, Opisthokonta, Amoebozoa(los dos últimos a veces agrupados en el supergrupo Unikonta con el que se formarían 5 supergrupos), Chromalveolata,Rhizaria y Archaeplastida (el "Plantae sensu lato, en sentido amplio, debido a que abarca más grupos que sólo las embriofitas, las multicelulares y complejas plantas terrestres). Algunos de estos caracteres sirvieron para inferir cómo habría sido el eucariota ancestral: unicelular,fagotrófico (carácter debido al cual pudo engullir a la mitocondria ancestral, y posteriormente, en reinos "botánicos", al cloroplasto ancestral o derivado), con mitocondrias, aeróbico (que consume oxígeno, esperable debido al uso de las mitocondrias). Sin embargo, para entender la diversidad de protistas y su megaevolución (su evolución en caracteres que cambian tanta funciones que cambian su plancorporal, su forma básica de sobrevivir y reproducirse), caracteres como los del uso que le dan a su citoesqueleto (el esqueleto interno, que funciona de sostén, y debe ser lo suficientemente plástico como para modificarse para la locomoción y para la alimentación) son mejores indicadores de su plan corporal básico que los caracteres moleculares, que hasta hoy en día hacen inferencias sindeterminar a qué categoría taxonómica debería pertenecer su importancia con respecto al funcionamiento del plan corporal (2013).
Los protistas en líneas generales se pueden dividir según su modo de locomoción en amebas y flagelados (el eucariota ancestral era un flagelado, si bien la locomoción y alimentación del tipo ameba apareció varias veces, especialmente en los unicontes o más específicamente en losopistocontes, los linajes que dieron origen a animales yhongos). En amebas, los planes corporales aparecen por especializaciones en el sistema de actina/miosina que da movilidad al citoesqueleto; en flagelados, los planes corporales aparecen por especializaciones del sistema de microtúbulos del citoesqueleto que determina de qué forma se anclan los flagelos al resto de la célula y qué funcióntendrán (cómo se movilizarán, y por lo tanto para qué fines). Estas especializaciones del citoesqueleto son tan básicas para determinar cómo funcionará la célula y cómo sobrevivirá, que cada linaje que contiene alguna especialización es ubicado en categorías muy altas, como filos, clases y órdenes (las 3 categorías justo por debajo del reino, Protista). Estos caracteres se fueron estudiando como aquídescripto y como consecuencia la clasificación en filos se fue modificando desde la década del '70 hasta hoy en día, momento en que su estudio todavía no se considera terminado debido a la enorme falta de datos en grupos pobremente conocidos (véase Crisis de Biodiversidad).
La clasificación del reino Protista en filos ha avanzado desde los '90 debido no sólo a caracteres del citoesqueleto y...