Diversidades Conformacionales

Universidad Autónoma de Nuevo León
Facultad de Ciencias Biológicas

Química analítica

MC catalina Leos Rivas

Articulo consultado


Q.B.P
Fondo
El Cribado virtual de bases de datos químicas de gran tamaño es ahora una práctica de rutina enel descubrimiento de fármacos modernos . Un enfoque acertado cribado virtual es comparar la similitud de la forma 3-D de las estructuras químicas utilizando átomo centrados en funciones gaussianas , por ejemplo, tal como se aplica en ROCS [12]. Si bien este enfoque basado en Gaussian para dar forma puede realizar cientos o incluso miles de estructura química 3-D cálculos superposición forma porsegundo por unidad de procesamiento central (CPU) núcleo, enfoques aún más rápido con una eficacia similar sería bien recibida en la búsqueda de una base de datos de millones de estructuras químicas y (potencialmente) miles de millones de conformeros
Los intentos [13,14] se han hecho para utilizar ROCS para identificar formas de referencia, que luego son utilizados para calcular en 3-D similitudesforma a tasas considerablemente mejoradas. Un enfoque creado un binario "forma huella dactilar" utilizado mucho como tradicionales en 2-D huellas dactilares de conectividad molecular, donde los bits individuales están "activados" siempre que la forma de referencia tiene similitud en forma suficiente, tal como se define por la forma Tanimoto (ST) en Ecuación 1, para el compuesto que se estáconsiderando. Las Huellas dactilares de forma binarios, como un enfoque, se muestra como una técnica prometedora para codificar la forma de un confórmero de estructura química y lograr muy rápido en 3-D de cálculo de similitud, pero con la desventaja potencial de no proporcionar un real 3-D y con superposición confórmero ninguna garantía de que los valores de similitud de forma o listas resultantestienen ninguna correlación con los proporcionados por ROCS

(1)
donde VAA y VBB son el volumen de auto-solapamiento de moléculas A y B y VAB es el volumen de solapamiento entre ellos y los rangos de puntaje ST desde 0 (para no similitud forma) a 1 (para formas idénticas).

Un enfoque similitud segundo 3-D utilizando las formas de referencia [14] trató de mejorar el método primero por tantodando una superposición forma y cierta garantía de que la ST similitud forma es similar a la proporcionada por ROCS. Esto se logró mediante el reconocimiento de que dos confórmeros estructura química con similares 3-D forma alinear a una forma de referencia común de una manera similar. Mediante la utilización de la matriz de 3 x 3 rotacional y traslacional vector XYZ que alinear un confórmero químicoestructura 3-D a una forma de referencia común (retenido después de la generación de la forma de huellas digitales), se podría generar una superposición entre confórmeros para cada forma de referencia común. Dado que dos confórmeros similares pueden tener varias formas comunes de referencia, se puede "reproducir" todas las alineaciones a las formas comunes de referencia y elegir uno que se producela superposición mejor forma. Este enfoque consigue una mejora del rendimiento × 100 veces evitando cualquier cálculo similitud forma cuando las formas eran demasiado diferentes (es decir, no existían formas comunes de referencia), y evitando cualquier volumen superponen maximización cálculos de optimización. Sin embargo, esta metodología tiene sus desventajas. Sólo se considera relativamentepequeño (<28 átomos distintos de hidrógeno) e inflexible (<6 enlaces rotables) estructuras químicas y no sería calcular cualquier valor de similitud de forma cuando no había forma de referencia común. Sin embargo, en ambos estudios [13,14], se demostró que el uso de formas de referencia puede proporcionar promesa para mejorar drásticamente el rendimiento de los métodos de alineación a base de...