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El Consejo de Indias
Máximo organismo peninsular que, tenía a cargo todo lo concerniente a la política administrativa, judicial y el ejercicio del patronato eclesiástico, en última instancia, todoaquello que pudiera presentarse en tierras de la América hispana.
ORGANISMOS LOCALES
Fueron organismos que funcionaron en la misma colonia para ejecutar las disposiciones emanadas de España.Fueron los siguientes:
El virrey
Era el representante personal del Rey de España en el virreinato: su “álter ego”, es decir, “su otro yo”. Como suprema autoridad del virreinato fue el encargado deimpartir justicia, administrar el tesoro público y velar por la evangelización de los indígenas. El virrey era nombrado por el rey a propuesta del Consejo de Indias, aunque muchas veces fue el mismo reyquien se encargaba de revisar los nombres de los posibles virreyes. El virrey del Perú residía en la ciudad de Lima, en el suntuoso palacio de los virreyes, rodeado de una brillante corte, en medio degran lujo, riquezas y resguardado por una guardia de honor. Durante la existencia del Virreinato del Perú gobernaron 40 virreyes.
Grabado de Felipe Huamán Poma de Ayala representando a la RealAudiencia de Lima

Las audiencias
Las audiencias tenían como función principal la administración de justicia, en calidad de segunda instancia en los juicios o procedimientos judiciales, a nivel decortes superiores. Asimismo, ejercían funciones políticas, es decir, facultades propiamente de gobierno, pues la Audiencia actuaba como asesor del virrey, por lo que muchas veces absolvió las consultasformuladas por el virrey. De igual manera, fue la encargada de tomar las riendas del virreinato cuando el virrey se encontraba enfermo o moría repentinamente. Según su categoría, las audiencias erande dos clases: Audiencias Virreinales, de mayor rango, presididas por el virrey, tal fueron los casos de la audiencia de Lima y México, que tenían bajo su autoridad a las otras audiencias del mismo...