Evolucion molecular

Evolución Molecular
Eva García Vázquez
Departamento de Biología
Funcional

Tema 4. RELACIONES
FILOGENÉTICAS MOLECULARES
• Construcción de árboles filogenéticos.
Estimación de distanciasentre unidades
taxonómicas. Cálculos del tiempo de
divergencia entre especies.
• Métodos de reconstrucción de filogenias
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UPGMA
Distancia transformada
Neighbor-Joining (método delvecino más próximo)
Máxima parsimonia
Máxima verosimilitud

• Bootstrapping

Árboles filogenéticos

OTU: Unidad Taxonómica

Árboles con y sin raíz

Genes y poblaciones no siempreevolucionan a la vez

Clado: OTUs con un ancestro
común

UPGMA
Unweighted Pair-Group Method with Aritmetic Mean
Es el método taxonómico más simple. Consiste en una
agrupación secuencial de las OTUsmás cercanas,
construyendo nuevas matrices de distancias en cada
paso a partir de medias aritméticas con las distancias
de la matriz anterior

Método de la Distancia Transformada
Se recalculanlas distancias respecto a una OTU
externa (outgroup)
Sirve para corregir sesgos derivados de tasas de
evolución diferentes en distintas ramas del árbol

Métodos de Relaciones entre Vecinos
DosOTUs son vecinas si están conectadas por un único nudo interno
Se agrupan como vecinos más próximos a las OTUs menos distanciadas
Se combinan las OTUs más próximas como una sola para agrupar más decuatro OTUs: OTU (AB) vs C vs D vs E (Sattath & Tversky 1977)
Condición de cuatro puntos: dAB + dCD < dAC + dBD; dAB + dCD < dAD + dBC

Neighbor-Joining
• Consiste en agrupar secuencialmente alos
vecinos más próximos para minimizar la longitud
total del árbol
• Se estiman valores de Q (Studier & Keppler
1988)
• Q12 = (N-2)d12 - ∑d1i - ∑d2i
• Neighbor-Joining (NJ) y Neighbors-Relationproporcionan árboles de topología similar, pero
suele usarse el NJ

Máxima Parsimonia
Se busca el árbol que requiera el menor número de cambios
evolutivos para explicar las diferencias entre...