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Después de los acontecimientos de Los Vengadores, un frecuentado Tony Stark ha construido obsesivamente varios trajes de Iron Man en su mansión. Hace 13 años en 1999 un Tony Stark joven esta con su amante Maya Hansen en una conferencia en Suiza. En un elevador se encontró con Ho Yinsen, persona que años despues le ayudaria a construir el Mark 1, y el doctor Wu. Pero el mas importante de estahistoria un discapascitado llamado Aldrich Killian que le queria proponer un proyecto que Tony de muy mala manera rechaza.
Despues de 13 años Tony Stark se encuentra realizando unas pruebas a su nuevo traje autonomo de propulsiones el Mark 42. En Estados Unidos hoy en día, una serie de atentados terroristas hechos por el Mandarín ha dejado las agencias de inteligencia desconcertadas por la falta depruebas forenses. El presidente preocupado convierte al coronel James Rhodes en el nuevo superheroe de america bajo el nombre de Iron Patriot. En las Industria Stark la novia de Iron Man, Pepper Potts, se esta dirigiendo a una reunion a la que no le apetece ir ya que es con un viejo conocido que la invitaba a salir. Este individuo es nada menos que Aldrich Killian. Despues Pepper rechaza la idea deinvertir en la tecnologia Extremis de IMA. Mientras tanto, Happy Hogan se encuentra con un sujeto llamado Eric Savin, este parece estar esperando a Killian. Happy se encuentra muy intrigado y empieza a sospechar de este señory lo sigue hasta un barrio chino. Happy se percata de que esta acompañado de un sujeto llamado Jack Taggert(en los comics conocido como Firepower) y ve que le esta dando unpar de objetos extraños al intento de querer quitarselos Happy se enfrenta a duelo con Savin al darse cuenta de que este tiene superpoderes no tiene mucho tiempo de actuar porque Taggert se empieza a retorcerse y explota.
Tony Stark va al hospital donde esta su amigo y al salir del hospital un monton de periodistas lo empiezan a interrogar. Tony responde a sus preguntas con una amenaza alMandarin.
Tony empieza a investigar sobre los ataques del Mandarin y empieza a investigar una explosion que es similar a la que ataco al lugar donde estaba Happy. Cuando Tony esta terminando de investigar... suena el timbre y al abrir la puerta resulta que era Maya Hansen su antigua novia, este se sorprende al ver a Maya, luego llega Pepper y empiezan a discutir sobre irse o quedarse.De repente un misilimpacta contra la mansion de Tony Stark el traje Mark 42 envuelve a Pepper y la proteja.Tony le dice a Pepper que se lleve a Maya. Luego Tony le ordena al Mark 42 que vuelva por el. Iron Man consigue destrozar dos de los 3 helicopteros que los estaban atacando. Pero el ultimo que quedaaba dio el golpe final ya que hizo explotar los trajes del Mark 1 al 7 y tambien logro derribar la mansion.Haciendo que Tony quede aplastado por los escombros, este se las ingenia para escapar y vuela lo mas rapido posible hasta llegar a ROSE, HILL TENESSE.
Tony hace equipo con un niño de 10 años, llamado Harley, ya que necesita seguir investigando sobre el Mandarín. Descubre las explosiones fueron provocadas por soldados de un programa de Extremis, un tratamiento experimental destinado a permitir a sususuarios recuperarse de lesiones incapacitantes. Sin embargo, si el cuerpo de un usuario no puede metabolizar correctamente el extremis, se calienta y explota. Después de que los veteranos comenzaron a crecer hasta explotar, se crearon historias sobre ataques terroristas para evitar que se descubran las fallas de Extremis. Al tratar de descubrir sobre estas explosiones Tony se encuentra con unaseñorita llamada Ellen Brandt y con Eric Savin a los que se les enfreta . Tony logra matar a Ellen Brandt y herir a Eric Savin.
Mientras tanto Maya le revela a Pepper que su jefe es Aldrich Killian y que el trabaja para el Mandarin. Pero antes de que termine de contarle sobre las ventas al ejercito y al Mandarin, Killian entra a la habitacion y se lleva a Pepper con el.
Con la ayuda de Harley, Tony...