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Protocolo puede ser modificado de dos maneras: introduciéndole ajustes y/o enmiendas. Los ajustes se refieren a las medidas de control de sustancias ya incluidas en el Protocolo, mientras que lasenmiendas se refieren a sustancias nuevas o a la alteración de disposiciones distintas de las medidas de control de sustancias ya incluidas.

Los ajustes se deciden si, a pesar de haber hechotodo lo posible para llegar a un consenso, no se ha logrado un acuerdo por una mayoría de dos tercios de las Partes presente y votantes que represente al menos el 50% del consumo total por las Partesde las sustancias controladas. Al menos que se disponga otra cosa, un ajuste entra en vigor 6 meses después de que el Depositario haya remitido la comunicación a las Partes sobre el mismo. Losajustes son obligatorios para todas las Partes. En cambio, una enmienda aprobada por la Reunión de las Partes sólo se aplica a las Partes que la ratifican.

El hecho de que se ajusta el Protocolo, esdecir, que se hagan más estrictos los esquemas de reducción con una simple decisión en la Reunión anual de las Partes, tiene importantes implicancias para su futuro desarrollo. Teóricamente taldecisión debe tomarse por mayoría, pero en la práctica se toma por consenso. Como los ajustes entran en vigor automáticamente, se evita el proceso de ratificación nacional, que es el procedimientonormal que se sigue en los tratados internacionales, pero que es engorroso y toma tiempo. El mecanismo de ajuste es, por lo tanto, una medida que sirve para acelerar la revisión de las disposicioneslegales de conformidad con los últimos conocimientos científicos, así como una manera de proveer márgenes crecientes para compromisos cuando surjan.

En 1987 el Protocolo consideraba sólo 2grupos de sustancias antropógenas que eran considerados como las primeras responsables del agotamiento de la capa de ozono, 5 CFC y 3 halones, y con el tiempo fue incluyendo cada vez más sustancias.