Lenguaje R

Análisis Exploratorio y Confirmatorio de Datos de Experimentos de Microarrays TP 1
Dpto. de Matemática - Instituto de Cálculo 1er. Cuatr. 2006 Dra. Diana M. Kelmansky

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Trabajo Práctico 1: Introducción al lenguaje R
A partir de la sección 1.2 esta guía debe leerse ejecutando simultáneamente en R
todos los comandos indicados.
W. J. Owen 2006. The R Guidehttp://cran.r-project.org/doc/contrib/Owen-TheRGuide.pdf
Emmanuel Paradis 2003. R para Principiantes
http://cran.r-project.org/doc/contrib/rdebuts_es.pdf
Tom Short 2004. R Reference Card
http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf

1.1 Un poco de historia
R es un conjunto de programas integrados para manejo de datos, simulaciones, cálculos y
realización de gráficos. Es además un lenguaje de programación orientado a objetos.
Res una implementación libre, independiente, open-source del lenguaje de programación
S que actualmente es un producto comercial llamado S-PLUS y es distribuido por
Insightful Corporation. El lenguaje S, que fue desarrollado a mediados de los años 70 en
Bell Labs (de AT&T y actualmente Lucent Technologies). Originalmente un programa para
el sistema operativo Unix, R ahora puede obenerse también enversiones para Windows y
Macintosh y Linux. A pesar de que hay diferencias menores entre R y S-PLUS (la
mayoría en la interfase gráfica), son esencialmente idénticos.
El proyecto R fue iniciado por Robert Gentleman y Ross Ihaka (de donde se deriva “R”)
del Statistics Department, University of Auckland, en 1995.
Acualmente R es mantenido por un grupo internacional de desarrolladores voluntarios:Core development team.
La página web del proyecto R es http://www.r-project.org. Este es el sitio principal
sobre información de R: documentación, FAQs (FAQ son las iniciales de Frequently
Asked Questions, o sea preguntas más frecuentes).
Para bajar el sofware directamente se puede visitar el Comprehensive R Archive Network
(CRAN): http://cran.us.r-project.org/
La versión actual de R es 2.2.1.
Paraanalizar los datos de microarreglos utilizaremos el software R y programas
específicos desarrollados por BioConductor. Este también está integrado por

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Dpto. de Matemática - Instituto de Cálculo 1er. Cuatr. 2006 Dra. Diana M. Kelmansky

desarrolladores voluntarios de software para el análisis y comprensión dedatos de
genómica, especialmente microarreglos, y se inició a mediados de 2001
( http://www.bioconductor.org/whatisit )
1.2 Iniciando y cerrando R
La forma más fácil de usar R es en forma interactiva mediante la línea de comandos. Una
vez instalado hay que hacer un doble click en el ícono de R (en Unix/Linux, se escribe R
desde el símbolo de comandos (command prompt)). Cuando R se inicia, aparece laventana del programa “Gui” (graphical user interface) con un mensaje de apertura
R : Copyright 2005, The R Foundation for Statistical Computing
Version 2.2.1 (2005-12-20 r36812)
ISBN 3-900051-07-0
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
R is a collaborativeproject with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

Debajo del mensaje de apertura en la Consola de R se encuentra el “prompt” que es el
símbolo > (“mayor”).
>
La mayoría de lasexpresiones en R se escriben directamente a continuación del “prompt”
en la Consola de R.
Si se escribe e intenta ejecutar un comando que se ha escrito en forma incompleta, el
programa presenta un “+” que es el prompt de continuación.
Comencemos agregando a R los paquetes específicos de microarreglos de la página de
BioConductor: http://www.bioconductor.org/download/.
La forma más sencilla de...