El agua de los ríos transporta grandes cantidades de materiales que se acumulan en la desembocadura, además del aporte de sedimentos que también produce la entrada de agua de mar hacia la boca del estuario. Por tanto, debajo de estas aguas poco profundas y tranquilas se forman fangos en el fondo. Aquí, el enfriamiento y el calentamiento del agua producen variaciones de temperaturas mayores de las que se dan en los ríos o en el mar. Las bajas temperaturas normalmente van unidas a bajas salinidades, ya que en invierno el caudal del río es mayor por las lluvias y nevadas. Mientras que en verano, cuando predominan las sequías con alta evaporación y altas temperaturas, el caudal del río se reduce, aumentando la salinidad y la temperatura del agua.
Los movimientos de grandes masas de agua generados en los estuarios por las mareas provocan corrientes que arrastren los materiales del fondo. La existencia de materiales finos en los fondos de los estuarios tiende a formar una desoxidación dealgunas capas de fango.
El oleaje y la velocidad y dirección de las corrientes varían durante el ciclo mareal. Algunos tienen una barrera que protege la desembocadura de las olas, pero cuando sube la marea las olas pueden penetrar en el río. Por tanto, las orillas de los estuarios sufren cambios. En el lado que da a mar abierto suele haber rocas donde rompen las olas en la línea de marea alta y materiales más finos en niveles inferiores, mientras que en la zona interna predominan sedimentos finos fangosos con condiciones de anoxia a los pocos centímetros, pero dependerá del caudal y de la carga de aluviones que tenga el río.
Los organismos tienen que adaptarse a estas condiciones. Las corrientes tienden a arrastrarlos hacia el mar. Cuando suben las mareas el peligro de ser llevados a zonas de baja salinidad aumenta. Algunos nadan solo cuando suben las mareas, otros se entierran en el fango cuando bajan las mareas para evitar ser llevados a mar abierto.
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