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Un tema central en la regulación de la expresión génica es la
asociación física de factores de transcripción con relevante
secuencias promotoras. Recientemente, los avances tecnológicos han
permitió a los investigadores analizar estos procesos en un genómica
escala. En particular, la combinación de la cromatina
inmunoprecipitación técnica (CHIP), con el análisis de microarrays
(el "chip achip experimento) está proporcionando una gran cantidad de nuevos y
datos sorprendentes sobre las interacciones factor de transcripción de la cromatina.
Estos avances son revisados ​​aquí. También se discute el futuro
desafíos en el área.
Introducción
Mayoría de los procesos biológicos están regulados a nivel de
la transcripción. En células de mamíferos, la trascripción de
casi todos losgenes está regulada por varios
factores positivos y negativos de transcripción que reconocen secuencias de ADN específica
cerca del gen objetivo, a menudo en regiones promotoras
que se encuentran río arriba del sitio de inicio transcripcional.
Factor de transcripción - Asociación ADN en una célula viva es una
proceso complejo. [1]. El genoma es enorme y el ADN es
empaquetado en una variedadde estructuras de la cromatina que
determinará su accesibilidad a una proteína [2]. Por otra parte,
la mayoría de los factores de transcripción interactúan con otros sequencespecific
proteínas de unión, remodelación de la cromatina y
complejos modificación y la maquinaria general de la transcripción.
Cualquiera o todas estas interacciones proteína-proteína
pueden afectar a lascaracterísticas de unión al ADN de la
factor de interés. Por lo tanto, mientras que se detalla en estudios in vitro de
Interacciones proteína-ADN han aportado y seguirán
para proporcionar, información útil, es evidente que los estudios
de transcripción interacciones factor de ADN en las células vivas son
crítico para la comprensión de la regulación transcripcional (o cualquier
otro proceso nuclear). Comose describe más adelante, este campo tiene
experimentado una revolución reciente, en gran parte debido a la
el desarrollo de la llamada "chip a chip de 'ensayo, el cual
combina la poderosa técnica de inmunoprecipitación de cromatina
con el análisis de microarrays de ADN. Antes de considerar
estos avances recientes, No obstante, vale la pena
revisar el trabajo antes brevemente y elpensamiento en esta área,
que ha sentado las bases para la era moderna.
Los primeros días

Hasta hace muy poco, el análisis del factor de transcripción-
Interacciones de ADN en las células vivas en algo parecido a un
escala genómica fue un asunto muy difícil. Este
era en gran parte debido a las limitaciones en las técnicas analíticas. Un
buen ejemplo es el estudio pionero de Marcos Biggin y
suscolegas de los reguladores de Drosophila Even-omiten (Eva),
Fushi tarazu (ftz) y Zeste. [3]. Estas proteínas, que
son parte de una gran superfamilia de factores de homeodominio,
siempre un enigma para la genómica funcional temprana
investigadores. In vitro, las proteínas homeodominio muestran bastante
modesta especificidad de secuencia, a menudo tan poco como 3-4 de base
pares [4]. La simplearitmética sugiere que no debe
ser un número masivo de sitios en el genoma de Drosophila
que se ajuste a esta descripción. Entonces, ¿cómo podrían estas proteínas
lograr la unión específica a los promotores que se
regulan? En primer lugar, es importante tener en cuenta que existe una
sesgo inherente a esta pregunta. Se supone que hay
deben existir mecanismos en la célula que elaboran elmodesta intrínseca especificidad de unión al ADN de homeodomain
proteínas. La explicación alternativa, que las grandes
cantidades de estas proteínas homeodominio
se produjeron y se encuentran dispersos por todo el genoma, no se ha dado mucha
credibilidad.
Biggin y sus colaboradores analizaron Ftz y Eva la distribución
en Drosophila embriones tempranos utilizando UV entrecruzamiento y
El...