Seis Meses Despu S De La Primera Pel Cula

Seis meses después de la primera película, los rebeldes de Zion, la última ciudad humana, han recibido inquietantes noticias: Las máquinas tratan de penetrar en la ciudad subterránea perforando el subsuelo (se explica en The Last Flight of the Osiris, de The Animatrix y en Enter the Matrix). En las primeras imágenes que podemos ver a Trinity, quien está realizando una misión en la cual esasesinada por los agentes, pero no es más que un sueño, uno de tantos que Neo, como elegido, está experimentando, los cuales se desarrollan de manera semejante a las visiones
Tras esto, los tripulantes de la Nebuchadnezzar (la Nabucodonosor) son llamados al nivel de transmisiones para celebrar una reunión con capitanes de las otras naves. Existen conflictos entre ellos, debido al credo queprofesa Morfeo. Él pide mantener una nave en nivel de trasmisión para poder consultar al Oráculo. Éste acto es calificado como insubordinado y contrario a las órdenes de la cúpula militar de Zion; sin embargo, consigue ser secundado. En esta escena se ve la conexión especial entre Niobe y Morfeo, no dejándose entrever la que existe entre Trinity y Ghost, visto esto en los vídeos incluidos en el videojuegoEnterthe Matrix además de verse la especial discrepancia con capitanes como Roland, de la Mjolnir (nombrada en la película como "El martillo" o "El Hammer"; Mjolnir era el nombre que recibía el martillo del dios nórdico Thor).
Como suele suceder en otras ocasiones, en esta reunión Los agentes tratan de capturar a los jefes de la rebelión, pero Neodemuestra que su nivel de dominio del entorno de Matrixes tal que incluso vence a tres agentes sin ningún problema, pese a que estos fueron modificados aparentemente para capturarlo.
Después de este incidente, el agente Smith hace aparición por primera vez como un programa autónomo dentro de Matrix, donde se descubre que tiene la capacidad de reproducirse a sí mismo "hackeando" el código-imagen virtual de otros conectados e incluso el código de otrosAgentes, como se podrá ver en escenas posteriores, en lo que parece ser otro de los sueños proféticos de Neo.
La Nabucodonosor regresa a Zion, se ve por primera vez la ciudad humana, el muelle y la propia ciudad, que no es más que una especie de silo excavado en la roca adaptado a la vida humana. El muelle es el primer nivel, la ciudad el nivel siguiente debajo del muelle, y finalmente el nivel delas máquinas, donde se controlan los procesos de mantenimiento propios de una ciudad.
Zion evidencia su estado de alerta, se ven preparativos en la torre de control (se ven técnicos instalando cañones-centinela) y en los muelles las APU (Armored Personnal Unit) patrullan las pasarelas mientras otras controlan que ningún centinela pase por las puertas.
A su llegada es requerida la presencia deMorfeo ante Lock, Comandante de los Cuerpos de Defensa de Zion, en ésta escena aparece uno de los personajes carismáticos de la trilogía, el capitán de las escuadras de APU: Mifune, que tendrá un papel de especial relevancia en The Matrix Revolutions.
La estrategia de las máquinas genera un claro conflicto entre Morfeo y Lock, hecho éste que se intensifica dado que Morfeo fue pareja de la capitanaNiobe, además de que Lock considera a Morfeo un loco (al igual que Zee, pareja de Link, Operador de la Nebuchadnezzar en sustitución de Tank y Dozer, asesinado por Cypher en la primera película).
Los consejeros de Zion, y su cabecilla Hama, a pesar de mostrar dudas al respecto de cómo Neo, o la doctrina de Morfeo, puede salvar Zion de la destrucción, apoyan abiertamente las actuaciones de latripulación de la Nebuchadnezzar. Queda evidenciada la aparición en Zion de dos grupos de ciudadanos: aquellos que creen en la doctrina de Morfeo y aquellos que creen que Morfeo es un loco. Los creyentes demuestran una fe incondicional, incluso pidiendo a Neo que cuide de los no conectados (como hace la madre de un tripulante de uno de los aerodeslizadores) a pesar de que las capacidades de Neo son...