Sistema de tres dominios
Aunque rápidamente la mayoría de lossistematistas moleculares aceptó el sistema de tres dominios, algunos biólogos como Mayr lo criticaron por dar demasiado énfasis a la singularidad de las archaebacterias y por ignorar lasfuertes similitudes genéticas entre los grupos. Estudios posteriores han confirmado que la membrana de las células de las arqueas tiene una composición inusual, así como la estructura de susflagelos. Otras diferencias significativas son los sistemas de las arqueas para la replicación del ADN y la transcripción, que son bastante diferentes a las de los eucariotas. Por ejemplo, lasARN polimerasa de las arqueas constan de hasta 14 subunidades, mientras que las ARN polimerasa de las bacterias sólo tiene 4 subunidades. Los análisis de dichas subunidades sugieren queestán más estrechamente relacionadas a las encontradas en los eucariotas. Así también, las arqueas producen un número de proteínas de unión al ADN similar a las histonas de los eucariotas.
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