Tercer parcial

Tercer parcial
Tecnicas
PCR, RT-PCR, PCR tiempo real, AFLPs, SNPs
TAGs, SAGE, RNA-SEQ, Pirosecuenciacion, Microarreglos
Northernblot y Southernblot
Citogenetica clásica y molecular
Hibridacion In situ
Biomarcadores
TÉCNICA
FUNCIÓN 
PCR
Amplificación de fragmento(s) de interés para la detección del mismo
Rt-PCR
Síntesis de cDNA mediante la amplificación de fragmentos de RNA o del total del mismo,para su detección
Q-PCR
Cuantificación de DNA mediante la amplificación del mismo, utilizando fluorescencia para su detección
RT-Q-PCR
Cuantificación de RNA mediante síntesis de cDNA y amplificación de este, utilizando fluorescencia pra su detección 
Citogenetica Clasica
Estudiar alteraciones a nivel de DNA que se producen en los cromosomas, mediante tecnicas de tincion.
ChIP-chip
Combina a lainmunoprecipitacion de cromatina con microarreglos de DNA. Se utiliza para estudiar las interacciones entre proteínas y DNA in vivo
AFLP
Marcador molecular  basado en la restricción del ADN genómico mediante enzimas de restricción y en la posterior amplificación de algunos de esos fragmentos mediante PCR, esto para estudiar polimorfismos
SNP
Variación en la secuencia de ADN que afecta a una sola deuna secuencia del genoma, utilizados como marcadores de alta resolución en el mapeo de genes relacionados con enfermedades o rasgos normales
EST 
Marcador de secuencia expresada, se pueden usar para identificar genes que se transcriben, en el descubrimiento de genes, y para determinación de secuencias.
Northernblot y Southernblot 
Permite detectar la presencia de una secuencia de DNA oRNA(moléculas de DNA marcadas con radioactividad y con una secuencia conocida) en una mezcla compleja de este ácido nucleico. Para ello se emplea la técnica de electroforesis en gel de agarosa con el fin de separar los fragmentos de DNA/RNA de acuerdo a su longitud y, después, una transferencia a una membrana en la cual se efectúa la hibridación de la sonda.
SAGE

RNA-Seq
Permite una aproximación al perfiltranscriptómico, proporciona una medida de los niveles de transcritos y sus isoformas. Es una secuenciación masiva de cDNA mediante plataformas de alto rendimiento basada en la secuenciación de última generación (NGS) para el análisis cualitativo y cuantitativo del transcriptoma.
Pirosecuenciacion
Permite la determinación a gran escala de secuencias de DNA, la cual es aplicable a genomas completos,esto principalmente por luminiscencia.
microarreglos
Los microarreglos de ADN son una serie de sondas de ADN unidas a un soporte sólido en una disposición regular y prefijada. El ácido nucleico diana que será detectado puede ser ADN o ARN y a al híbridar será marcado con una sustancia fluorescente o radiactiva. La principal ventaja es que se pueden detectar miles de genes y la posibilidad depoder medir simultáneamente la expresión de los genes involucrados.
hibridación in situ
Permite la detección de secuencias de ácidos nucleicos en células, cromosomas o tejidos preservados, utilizando una sonda de RNA o DNA y un marcador radiactivo o no radiactivo, directo o indirecto. La detección in situ provee una visualización directa de la localización espacial de secuencias específicas que escrucial para explicar su organización y función génica.
biomarcadores
Permite encontrar firmas moleculares únicas que puedan correlacionarse sin ambigüedad a eventos biológicos. Se pueden utilizar distintas plataformas tecnológicas como genómica, protéomica, trancriptpómica, y metabolomica; para ser aplicados en diagnósticos de enfermedades, prognóstico, determinación de algunos fenotipos deseables,etc.
citogenetica molecualr


Organismos modelo
E. coli
B. subtilis
S. cerevisiae
N. crassa
U. maydis
A. thaliana
Z. mays
C. elegans
D. melanogaster
D. rerio
M. musculus
ORGANISMO
CARACTERÍSTICAS
APLICACIÓN
Drosophila melanogaster
Bajo costo de mantenimiento, Tamaño pequeño, Fecundidad, Ciclo de vida rapido, cuenta con Genes gap: regiones del embrión
Genes regla de pares (pair-rules): definen...