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Nació en 1542 en la localidad abulense de Fontiveros, sita en la amplia paramera delimitada por Madrigal de las Altas Torres, Arévalo y Ávila. Fue hijo de un tejedor toledano de buratos llamadoGonzalo de Yepes y de Catalina Álvarez. Tenía dos hermanos mayores llamados Francisco y Luis. El padre de Juan murió cuando tenía cuatro años lo que dejó a la familia en una difícil situación. Su hermanoLuis murió cuando él tenía seis años, quizá por mala alimentación. La madre y los dos hijos restantes, Francisco y el propio Juan, sufren una acuciante pobreza por lo que se ven obligados a trasladarseprimero a Arévalo, donde viven durante cuatro años, y en 1551 aMedina del Campo. La tradición achacaba a estas penalidades pasadas que Juan fuera un hombre de escasa corpulencia, bastante bajo deestatura, tanto que Santa Teresa de Jesús lo llamara «mi medio fraile». Sin embargo, en la exhumación, estudio y restauración que en 1992 hicieron de sus restos, se confirmó que su estatura estaba entre1,60 y 1,65 m., normal para su época. El incremento de fortuna, que les reportó el matrimonio del hermano mayor con Ana Izquierdo, consiguió que se establecieran allí definitivamente.
Suinsatisfacción con el modo de vivir la experiencia contemplativa en el Carmelo, le hacen considerar irse a la Cartuja, pero en 1567 regresa a Medina del Campo por unos pocos días para ser ordenado presbítero ycelebrar su primera misa en presencia de su hermano, el resto de su familia y sus amigos del convento y allí conoce a Teresa de Cepeda y Ahumada, futura santa Teresa de Jesús, que había llegado a laciudad para fundar una nueva sede de su «Reforma carmelita», los llamados carmelitas descalzos.
Tras un nuevo enfrentamiento doctrinal en 1590, es destituido en 1591 de todos sus cargos, y queda comosimple súbdito de la comunidad. Durante su viaje de vuelta a Segovia, cae enfermo en el convento de La Peñuela de La Carolina y es trasladado a Úbeda, donde muere la noche del 13 al 14 de diciembre....