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Transcripción los genes de Clase IILa RNA polimerasa II tiene ~10 subunidades con una masa de ~500 kDa. La Polimerasa II no puede iniciar la transcripción por sí sola y depende completamente defactores auxiliares de la transcripción. La enzima, conjuntamente con estos factores constituye el aparato básico de transcripción necesario para transcribir cualquier promotor.La subunidad mayor de laRNAPII posee una estructura única que no se encuentra en ninguna otra polimerasa; se trata de un dominio poco común en el extremo carboxílico de la subunidad mayor. Esta estructura se llama CTD (carboxyterminal domain) y está constituida por repeticiones en tándem (52 veces en el ratón) de la secuencia consenso heptapeptídica tyr-ser-pro-treo-ser-pro-ser. La estructura es fosforilable pero no seconoce porqué ni su función. Existen evidencias que indican que cada vuelta de transcripción está asociada con la fosforilación reversible de CTD. No obstante, se ha diseñado un modelo general en el cuallas interacciones de la RNAPII con el promotor están mediadas, al menos en parte, por la interacción de CTD con los componentes del complejo de preiniciación. La estructura CTD es indispensable parala viabilidad celular.El primer punto para considerar la organización del promotor es definir un promotor "genérico" que será la secuencia más corta en la cual la RNA polimerasa II puede iniciar latranscripción y caracterizar las subunidades de la enzima y los factores de transcripción que se necesitan para reconocerlo. Un promotor genérico puede, en principio, expresarse en cualquier célula: nodepende de secuencias cuyo uso esté bajo control específico del tejido. Las proteínas accesorias que requiere la polimerasa II para iniciar en este promotor definen los factores generales detranscripción implicados en la mecánica de unión al DNA y la iniciación de la transcripción.El número de factores que pueden actuar conjuntamente con la RNA polimerasa II es muy grande. Se han dividido en...