Adn Repetido

ADN repetido disperso
Son secuencias de ADN que se repiten de modo disperso por todo el genoma, constituyendo el 45% del genoma humano. Los elementos cuantitativamente más importantes son los LINEs y SINEs, que se distinguen por el tamaño de la unidad repetida.
Estas secuencias tienen la potencialidad de autopropagarse al transcribirse a una ARNm intermediario, retrotranscribirse e insertarseen otro punto del genoma. Este fenómeno se produce con una baja frecuencia, estimándose que 1 de cada 100-200 neonatos portan una inserción nueva de un Alu o un L1, que pueden resultar patogénicos por mutagénesis insercional, por desregulación de la expresión de genes próximos (por los propios promotores de los SINE y LINE) o por recombinación ilegítima entre dos copias idénticas de distintalocalización cromosómica (recombinación intra o intercromosómica), especialmente entre elementos Alu.
Frecuencias y tipos de repeticiones dispersas en el genoma de varios organismos10 |
Tipo repetición | Homo
sapiens | Drosophila
melanogaster | Caenorhabditis
elegans | Arabidopsis
thaliana |
LINE,SINE | 33,4% | 0,7% | 0,4% | 0,5% |
LTR/HERV | 8,1% | 1,5% | 0% | 4,8% |
Transposones ADN |2,8% | 0,7% | 5,3% | 5,1% |
Total | 44,4% | 3,1% | 6,5% | 10,4% |
SINE
Acrónimo del inglés Short Interspersed Nuclear Elements (Elementos nucleares dispersos cortos). Son secuencias cortas, generalmente de unos pocos cientos de bases, que aparecen repetidas miles de veces en el genoma humano. Suponen el 13% del genoma humano,10 un 10% debido exclusivamente a la familia de elementos Alu(característica de primates).
Los elementos Alu son secuencias de 250-280 nucleótidos presentes en 1.500.00010 de copias dispersas por todo el genoma. Estructuralmente son dímeros casi idénticos, excepto que la segunda unidad contiene un inserto de 32 nucleótidos, siendo mayor que la primera. En cuanto a su secuencia, tienen una considerable riqueza en G+C (56%),10 por lo que predominan en las bandas R, yambos monómeros presentan una cola poliA (secuencia de adeninas) vestigio de su origen de ARNm. Además poseen un promotor de la ARN polimerasa III para transcribirse. Se consideran retrotransposones no autónomos, ya que dependen para propagarse de la retrotranscripción de su ARNm por una retrotranscriptasa presente en el medio.
LINE

Esquema simplificado del mecanismo de retrotransposición deun elemento LINE y un SINE. Un elemento LINE es transcrito produciendo un ARNm que sale del núcleo celular. En el citoplasma se traduce en sus dos marcos de lectura abiertos generando ambas proteínas (véase el texto), que para simplificar se han representado como ORF1p y ORF2p. Ambas permiten retrotranscribir el ARNm del LINE y de otros retrotransposones no autónomos, como SINEs y pseudogenesprocesados. Durante la retrotranscripción la nueva secuencia de ADN se integra en otro punto del genoma.
Acrónimo del inglés Long Interspersed Nuclear Elements (Elementos nucleares dispersos largos). Constituyen el 20% del genoma humano. La familia de mayor importancia cuantitativa es LINE-1 o L1 que es una secuencia de 6 kb repetida unas 800.000 veces de modo disperso por todo el genoma, aunque lagran mayoría de las copias es incompleta al presentar el extremo 5' truncado por una retrotranscripción incompleta. Así, se estima que hay unas 5.000 copias completas de L1, sólo 90 de las cuales son activas,10estando el resto inhibidas por metilación de su promotor.
Su riqueza en G+C es del 42%,10 próxima a la media del genoma (41%) y se localizan preferentemente en las bandas G de los cromosomas.Poseen además un promotor de la ARN polimerasa II.
Los elementos LINE completos son codificantes. En concreto LINE-1 codifica dos proteínas:
1. Proteína de unión a ARN (’’RNA-binding protein’’): codificada por elmarco de lectura abierto 1 (ORF1, acrónimo del inglés ‘’Open reading Frame 1’’)
2. Enzima con actividad retrotranscriptasa y endonucleasa: codificada por el ORF2.
Por lo...